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R實戰(系統發育樹的數據集成操作及可視化)

  • 作者：餘光創|責編:張慧敏|譯者:李林//羅曉
  • 出版社：電子工業
  • ISBN：9787121451829
  • 出版日期：2023/04/01
  • 裝幀：平裝
  • 頁數：263
人民幣：RMB 109 元      售價：元
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內容大鋼
    本書系統地介紹使用treeio、tidytree、ggtree和ggtreeExtra等R軟體包操作系統發育樹的全套流程，包括對樹文件的解析，以及樹與其相關數據的操作、整合、可視化等內容。
    本書由餘光創撰寫，旨在為系統發育樹的操作與呈現提供指導。如果讀者需要進行系統發育樹的相關操作，卻又覺得無從下手，那麼這本書會提供很大的幫助。關於系統發育樹的大部分問題，都能在本書中找到答案。
作者介紹
餘光創|責編:張慧敏|譯者:李林//羅曉
    餘光創，畢業於香港大學公共衛生學院，獲得生物信息學博士學位。南方醫科大學基礎醫學院教授，現任生物信息學繫系主任。連續兩年（2020-2021）入選愛思唯爾「中國高被引學者」，入選全球前2%頂尖科學家榜單「年度科學影響力」排行榜（2020-2022）和「終身科學影響力」排行榜（2021-2022）。
目錄
第1篇  樹數據的輸入/輸出及操作
  第1章  導入帶有數據的樹文件
    1.1  系統發育樹構建概述
    1.2  系統發育樹文件格式
      1.2.1  Newick樹文件
      1.2.2  NEXUS格式
      1.2.3  NHX格式
      1.2.4  Jplace格式
      1.2.5  利用軟體輸出文件
    1.3  使用treeio導入樹及相關數據
      1.3.1  treeio簡介
      1.3.2  treeio解析函數演示
      1.3.3  將其他樹形對象轉換為phylo對象或treedata對象
      1.3.4  從treedata對象中獲取信息
    1.4  總結
    1.5  本章練習題
    參考文獻
  第2章  操作含有關聯數據的樹
    2.1  使用tidy介面操作樹數據
      2.1.1  phylo對象
      2.1.2  treedata對象
      2.1.3  訪問相關節點
    2.2  數據整合
      2.2.1  整合樹數據
      2.2.2  將外部數據關聯到系統發育樹
      2.2.3  對分類單元進行分組
    2.3  重新設定樹的根節點
    2.4  重新調整分支標尺
    2.5  對包含數據的樹取子集
      2.5.1  刪除系統發育樹中的葉節點
      2.5.2  通過葉節點標籤對樹取子集
      2.5.3  通過內部節點編號對樹取子集
    2.6  操作樹數據以進行可視化
    2.7  總結
    2.8  本章練習題
    參考文獻
  第3章  導出含有數據的樹
    3.1  簡介
    3.2  將樹數據導出為BEAST Nexus格式的文件
      3.2.1  軟體輸出文件的導出與轉換
      3.2.2  將樹與外部數據結合
      3.2.3  合併不同來源的樹數據
    3.3  將樹數據導出為jtree格式的文件
    3.4  總結
    3.5  本章練習題
    參考文獻
第2篇  樹數據的可視化及註釋
第3篇  ggtree拓展包
第4篇  雜項
附錄A  常見問題

附錄B  相關工具
附錄C  練習題答案

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