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基於機器學習方法的真核複製起始位點分析與識別/博士論叢

  • 作者：刀福英//林昊|責編:彭敏
  • 出版社：電子科大
  • ISBN：9787577023366
  • 出版日期：2026/02/01
  • 裝幀：平裝
  • 頁數：144
人民幣：RMB 68 元      售價：元
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內容大鋼
    基於DNA序列、表觀遺傳標記、染色質三維結構，以及複製時序（Replication Timing）對複製起始進程的影響，本書將DNA複製與序列信息、表觀遺傳標記、三維染色質結構相關聯，深入挖掘複製起始調控機制，構建真實反映複製發生規律的複製起始位點識別模型，並從時間維度探究DNA複製起始與疾病的關聯關係，系統表徵複製時序與癌症發生之間的關係。全書的具體研究內容如下。
作者介紹
刀福英//林昊|責編:彭敏
目錄
第一章  緒論
  1.1  研究背景
    1.1.1  真核DNA複製
    1.1.2  真核DNA複製起始位點
    1.1.3  機器學習方法
  1.2  研究現狀
    1.2.1  實驗方法識別真核生物全基因組ORI
    1.2.2  計算方法識別真核生物全基因組ORI
  1.3  研究目標
  1.4  主要研究內容與創新點
    1.4.1  主要研究內容
    1.4.2  創新點
  1.5  結構安排
第二章  DNA序列信息識別多物種真核複製起始位點
  2.1  引言
  2.2  材料和方法
    2.2.1  基準數據集構建
    2.2.2  特徵提取
    2.2.3  特徵篩選方法
    2.2.4  模型訓練
    2.2.5  模型評估指標
  2.3  結果
    2.3.1  ORI序列的模體分析
    2.3.2  不同特徵提取方法的性能評估
    2.3.3  利用特徵篩選技術提升模型性能
    2.3.4  利用獨立數據集檢驗模型性能
    2.3.5  與已發表方法的比較
    2.3.6  跨物種細胞系檢驗模型性能
    2.3.7  在線伺服器構建及計算效率評估
  2.4  討論
  2.5  本章小結
第三章  表觀遺傳標記信息識別人類複製起始位點
  3.1  引言
  3.2  材料與方法
    3.2.1  基準數據集構建
    3.2.2  特徵提取
    3.2.3  隨機森林
    3.2.4  特徵篩選方法
    3.2.5  富集分數計算
    3.2.6  模型評估指標
  3.3  結果
    3.3.1  表觀遺傳標記與ORI的關聯分析
    3.3.2  利用表觀遺傳標記信息預測ORI
    3.3.3  利用DNA模體信息預測ORI
    3.3.4  特徵分析揭示特徵融合重要性
  3.4  討論
  3.5  本章小結
第四章  三維染色質互作信息識別人類複製起始位點
  4.1  引言
  4.2  材料與方法

    4.2.1  數據收集
    4.2.2  三維染色質互作特徵描述
  4.3  結果
    4.3.1  利用三維基因組結構信息預測ORI
    4.3.2  評估特徵篩選策略對模型性能的影響
    4.3.3  評估負樣本構建策略對模型性能的影響
    4.3.4  模型泛化能力評估
    4.3.5  模型可遷移性評估
  4.4  討論
  4.5  本章小結
第五章  複製時序在癌症三維基因組中的研究
  5.1  引言
  5.2  材料與方法
    5.2.1  增強子和啟動子的定義與篩選
    5.2.2  Hi-C數據收集與處理
    5.2.3  複製時序表徵EPI
    5.2.4  複製時序圖譜可視化
    5.2.5  癌症樣本數據收集與處理
    5.2.6  模型訓練與評估
  5.3  結果
    5.3.1  利用複製時序信息預測三維基因組EPI
    5.3.2  不同類型細胞的複製時序具有異質性
    5.3.3  探索ALL癌症樣本的複製時序特性
    5.3.4  EPI預測模型區分ALL樣本和正常樣本
  5.4  討論
  5.5  本章小結
第六章  總結與展望
  6.1  總結
  6.2  展望
參考文獻
附表

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