幫助中心 | 我的帳號 | 關於我們
進階搜尋
car

同類熱銷排行榜

最近瀏覽的商品

生物計算模擬與蛋白質設計(化學工業出版社十四五普通高等教育規劃教材)

  • 作者：編者:段謨傑|責編:傅四周
  • 出版社：化學工業
  • ISBN：9787122497024
  • 出版日期：2026/03/01
  • 裝幀：平裝
  • 頁數：154
人民幣：RMB 49 元      售價：元
放入購物車
加入收藏夾
內容大鋼
    本書在扼要介紹生物計算模擬和蛋白質設計研究進展基礎上，闡述分子動力學模擬基本原理、分子模擬常用軟體及運行方案、自由能模擬、分子模擬在生物體系中的應用、蛋白質計算設計、人工智慧蛋白質設計、功能蛋白質設計等計算生物學領域的前沿理論及技術。全書各章都配有翔實的圖表。此外，還提供了常用模擬軟體的運行命令和參數實例。為了滿足讀者進一步閱讀的需求，每章還附有參考文獻。
    本書可作為高校生物和化學類專業本科及研究生教材，也可供廣大計算生物學工作者查閱參考。
作者介紹
編者:段謨傑|責編:傅四周
目錄
第一章  緒論
  1.1  生物分子的結構
  1.2  生物分子結構描述
    1.2.1  一級結構
    1.2.2  二級結構
    1.2.3  三級結構
    1.2.4  四級結構
  1.3  生物分子結構檢測方法
  1.4  蛋白質結構資料庫
    1.4.1  PDB數據
    1.4.2  PDB的使用方法
  1.5  生物大分子結構相關的計算
    1.5.1  結構預測
    1.5.2  藥物分子對接及篩選
    1.5.3  結構的計算模擬
    1.5.4  蛋白質設計
  參考文獻
第二章  分子動力學模擬基本原理
  2.1  引言
  2.2  生物體系中的相互作用
    2.2.1  疏水作用
    2.2.2  氫鍵
    2.2.3  靜電相互作用
    2.2.4  范德瓦耳斯相互作用
  2.3  分子力場與勢函數
    2.3.1  分子間相互作用的勢函數
    2.3.2  分子力學力場的特點
    2.3.3  鍵的伸縮振動能
    2.3.4  鍵的彎曲振動能
    2.3.5  二面角能
    2.3.6  長程作用能
    2.3.7  力場參數的獲取
    2.3.8  常用分子力場
    2.3.9  水分子力場
    2.3.10  小分子通用力場
  2.4  分子體系運動方程及求解
    2.4.1  分子體系的運動方程
    2.4.2  leap-frog演算法
    2.4.3  Verlet演算法
  2.5  溫度和壓力控制
    2.5.1  溫度控制目的
    2.5.2  Berendsen控溫方法
    2.5.3  Nos?-Hoover控溫方法
    2.5.4  Berendsen控壓方法
    2.5.5  Parrinello-Rahman壓力控制
  2.6  體系的邊界
    2.6.1  邊界處理
    2.6.2  周期性邊界條件
  2.7  長程力的計算
    2.7.1  截斷方法

    2.7.2  Ewald求和
  2.8  分子動力學中的熱力學
    2.8.1  熱力學系綜
    2.8.2  熱力學採樣
    2.8.3  各態歷經假設
    2.8.4  體系自由能估計
  參考文獻
第三章  分子模擬常用軟體及運行方案
  3.1  引言
  3.2  分子動力學模擬基本流程
    3.2.1  確定研究體系和目標
    3.2.2  準備模擬體系
    3.2.3  選擇力場
    3.2.4  設置模擬參數
    3.2.5  分子動力學模擬的實施
    3.2.6  模擬結果的分析
    3.2.7  結果驗證和解釋
    3.2.8  優化和重複模擬
  3.3  生物體系中分子模擬運行方案
    3.3.1  能量最小化
    3.3.2  升溫平衡
    3.3.3  等壓平衡
    3.3.4  細胞膜體系的模擬
    3.3.5  常用的分析方法
  3.4  分子動力學模擬軟體GROMACS
    3.4.1  GROMACS蛋白質預處理
    3.4.2  能量最小化
    3.4.3  平衡過程運行流程
    3.4.4  分子動力學模擬及結果分析
  3.5  分子動力學模擬軟體AMBER
    3.5.1  蛋白質結構預處理
    3.5.2  能量最小化
    3.5.3  平衡模擬
    3.5.4  分子動力學模擬
  參考文獻
第四章  自由能模擬
  4.1  引言
    4.1.1  增強採樣方法
    4.1.2  常見的增強採樣方法
  4.2  反應坐標
    4.2.1  反應坐標定義
    4.2.2  基於CV的自由能採樣
    4.2.3  熱力學積分
  4.3  自適應偏置力方法
  4.4  傘形採樣方法
    4.4.1  非玻爾茲曼採樣
    4.4.2  傘形採樣原理
    4.4.3  加權直方圖分析法
    4.4.4  傘形採樣的實施步驟
  4.5  元動力學方法

    4.5.1  元動力學原理
    4.5.2  元動力學方法流程
    4.5.3  元動力學模擬優勢
  4.6  改進型元動力學方法
    4.6.1  溫和元動力學方法
    4.6.2  偏置交換元動力學
    4.6.3  路徑元動力學
    4.6.4  漏斗元動力學
  4.7  牽引分子動力學模擬方法
  4.8  副本交換方法
    4.8.1  溫度副本交換方法
    4.8.2  溶質退火副本交換
    4.8.3  哈密頓交換副本
  4.9  加速動力學
  4.10  深度學習與計算模擬
    4.10.1  機器學慣用于反應坐標的生成
    4.10.2  機器學慣用于構象採樣
    4.10.3  機器學慣用于數據分析
    4.10.4  機器學慣用于分子力場構建
  參考文獻
第五章  分子模擬在生物體系中的應用
  5.1  蛋白質穩定性分析
  5.2  配體-蛋白質相互作用的計算模擬
  5.3  動態蛋白的計算模擬
  5.4  膜蛋白的計算模擬
  5.5  粗粒化計算模擬
    5.5.1  粗粒化模型的構建
    5.5.2  應用舉例
  參考文獻
第六章  蛋白質計算設計
  6.1  引言
  6.2  蛋白質設計發展歷程
  6.3  蛋白質理性設計
    6.3.1  基本概念
    6.3.2  方法原理
  6.4  蛋白質定向進化
    6.4.1  定向進化方法介紹
    6.4.2  應用舉例
  6.5  蛋白質從頭設計
    6.5.1  基於序列的蛋白質設計
    6.5.2  基於結構的蛋白質設計
  參考文獻
第七章  人工智慧蛋白質設計
  7.1  引言
  7.2  人工智慧發展歷史
    7.2.1  神經網路與深度學習
    7.2.2  卷積神經網路
    7.2.3  循環神經網路
    7.2.4  圖神經網路
    7.2.5  生成對抗網路

    7.2.6  注意力機制
    7.2.7  擴散模型
  7.3  生成模型用於蛋白質設計的方法
  7.4  擴散模型用於蛋白質設計的方法
    7.4.1  基於氨基酸框架的擴散模型
    7.4.2  基於坐標的擴散模型
    7.4.3  基於序列的擴散模型
    7.4.4  基於二面角的擴散模型
    7.4.5  基於隱空間的擴散模型
  參考文獻
第八章  功能蛋白質設計
  8.1  蛋白質結合劑設計
  8.2  蛋白質?的設計
  8.3  抗體設計
  8.4  納米孔道的設計
    8.4.1  納米孔的常見應用領域
    8.4.2  跨膜β-桶納米孔設計實例
  8.5  配體結合蛋白設計
  8.6  膜蛋白設計
  8.7  設計感測器和執行器
  參考文獻

  • 商品搜索：
  • | 高級搜索
首頁│ 新手上路│ 客服中心│ 關於我們│ 聯絡我們│ Top↑│
Copyrightc 1999~2008 美商天龍國際圖書股份有限公司 臺灣分公司. All rights reserved.
營業地址:臺北市中正區重慶南路一段103號1F 105號1F-2F
讀者服務部電話：02-2381-2033 02-2381-1863　時間：週一-週五 10:00-17:00
　服務信箱：bookuu@69book.com 客戶、意見信箱:cs@69book.com
ICP證：浙B2-20060032