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生物信息學實踐教程

  • 作者：編者:蔣明//張慧娟|責編:秦瑕
  • 出版社：浙江大學
  • ISBN：9787308262019
  • 出版日期：2025/06/01
  • 裝幀：平裝
  • 頁數：187
人民幣：RMB 39 元      售價：元
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內容大鋼
    生物學與信息科學是發展迅速、影響較大的兩門學科，而這兩門學科的交叉融合及交替發展形成了廣義的生物信息學。生物信息學以其嶄新的理念吸引了廣大科學家的注意。近年來，各大高校陸續開設生物信息學課程，相關教材也不斷湧現。編者吸取現有生物信息學教材的優點，結合所在院校及兄弟院校的實際情況以及學生的特點，編寫了這本適合地方院校生物科學以及相關專業的教材。本書共設置了13個項目。
作者介紹
編者:蔣明//張慧娟|責編:秦瑕
目錄
項目一 Linux系統與生物信息學
  實驗一 Linux發行版的選擇及安裝
  實驗二 Linux命令行界面入門
  實驗三 Linux生物信息學環境配置
項目二 R語言與生物信息學
  實驗一 安裝與配置R語言
  實驗二 生物信息學常用R包安裝及使用
  實驗三 R語言的數據可視化
項目三 生物資料庫與檢索
  實驗一 NCBI資料庫的操作
  實驗二 TAIR資料庫操作
  實驗三 KEGG資料庫檢索
項目四 序列比對
  實驗一 在線序列比對
  實驗二 本地序列比對
項目五 DNA序列分析
  實驗一 開放閱讀框的預測
  實驗二 CpG島的預測
  實驗三 啟動子的預測
  實驗四 密碼子偏好性分析
項目六 蛋白質序列分析
  實驗一 蛋白質的理化性質預測
  實驗二 蛋白質的親疏水性預測
  實驗三 蛋白質的亞細胞定位預測
  實驗四 蛋白質的跨膜結構預測
  實驗五 蛋白質的二級結構預測
  實驗六 蛋白質的同源建模
項目七 系統發育分析
  實驗一 利用MEGA構建系統發育樹
  實驗二 利用IQ-TREE構建系統發育樹
項目八 基因家族分析
  實驗一 基因ID的獲取
  實驗二 基因序列獲取及結構域驗證
  實驗三 基因家族染色體分佈可視化
  實驗四 基因家族motif分析及可視化
  實驗五 基因家族基因結構可視化
  實驗六 基因家族表達模式分析
項目九 轉錄組數據分析
  實驗一 RNA-seq數據分析
  實驗二 單細胞RNA測序數據分析
項目十 葉綠體基因組的組裝與註釋
  實驗一 利用NovoPlasty組裝葉綠體基因組
  實驗二 利用GetOrganelle組裝葉綠體基因組
  實驗三 葉綠體基因組的註釋及可視化
項目十一 基因組的組裝及註釋
  實驗一 利用Hifiasm組裝contig水平的基因組
  實驗二 利用Juicer和3D-DNA組裝染色體水平的基因組
  實驗三 利用BRAKER等軟體進行蛋白序列的註釋
項目十二 比較基因組分析
  實驗一 利用OrthoFinder鑒定直系同源基因

  實驗二 利用IQ-TREE和ASTRAL軟體構建物種樹
  實驗三 利用r8s和CAFE分析基因家族擴張收縮事件
  實驗四 利用WCDI軟體分析基因組共線性和基因組複製事件
項目十三 群體遺傳學數據分析
  實驗一 基因組重測序SNP數據集的構建
  實驗二 利用plink和ADMIXTURE分析種群結構
  實驗三 利用VCFtools計算遺傳多樣性參數
  實驗四 利用FASTME構建鄰接樹
參考文獻

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