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蛋白質晶體學與藥物發現

  • 作者：編者:張壽德|責編:劉軍//孫高潔//冉海瀅
  • 出版社：化學工業
  • ISBN：9787122473219
  • 出版日期：2025/05/01
  • 裝幀：平裝
  • 頁數：194
人民幣：RMB 98 元      售價：元
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內容大鋼
    本書系統闡述了蛋白質晶體學研究的原理和方法，包括蛋白質純化、培養蛋白質晶體、X射線衍射實驗、數據處理和結構解析等方面內容，同時還介紹了蛋白質晶體學在藥物研究中的應用。
    本書不僅可以為蛋白質晶體學的初學者提供參考，讓其快速了解蛋白質晶體學的研究方法和原理，同時也可以為從事藥物設計的學者在利用蛋白質晶體學研究藥物與蛋白質相互作用時提供有力支撐。
作者介紹
編者:張壽德|責編:劉軍//孫高潔//冉海瀅
目錄
第1章  蛋白質晶體學的重要性
  1.1  什麼是蛋白質晶體學
  1.2  蛋白質晶體學的原理
  1.3  蛋白質晶體學的意義
    1.3.1  蛋白質生物功能挖掘的主要方法
    1.3.2  靶向藥物研究的基礎
  1.4  蛋白質結構的研究方法
    1.4.1  X射線晶體衍射法
    1.4.2  冷凍電鏡法
    1.4.3  核磁共振波譜法
    1.4.4  同源建模
    1.4.5  AlphaFold
  參考文獻
第2章  蛋白質表達質粒的構建
  2.1  表達質粒介紹
    2.1.1  表達質粒的概念及其分類
    2.1.2  表達質粒的圖譜解析
  2.2  表達質粒構建
    2.2.1  表達載體的選擇
    2.2.2  目的基因的獲取
    2.2.3  質粒的構建方法
  2.3  質粒純化和轉化
    2.3.1  質粒的純化
    2.3.2  質粒的轉化
  參考文獻
第3章  蛋白質的表達與純化
  3.1  蛋白表達系統
    3.1.1  原核表達系統
    3.1.2  真核表達系統
    3.1.3  四種表達系統的對比
  3.2  蛋白質純化的方法與原理
    3.2.1  親和層析技術
    3.2.2  分子排阻色譜法
    3.2.3  離子交換色譜技術
  3.3  蛋白質濃度測定
    3.3.1  UV法測定蛋白質濃度
    3.3.2  BCA法測定蛋白質濃度
    3.3.3  Bradford法測定蛋白質濃度
  參考文獻
第4章  蛋白質晶體的培養
  4.1  什麼是蛋白質晶體
  4.2  蛋白質晶體形成的原理
  4.3  蛋白質晶體培養的方法
  4.4  蛋白質晶體形成的影響因素及條件篩選
    4.4.1  蛋白質晶體形成的影響因素
    4.4.2  蛋白質晶體培養的條件篩選及優化方法
  4.5  蛋白質晶體的撈取和冷凍保存
    4.5.1  蛋白質晶體的撈取
    4.5.2  蛋白質晶體的冷凍保存
  4.6  蛋白質晶體的運輸

  參考文獻
第5章  X射線衍射的原理
  5.1  什麼是X射線
  5.2  怎麼產生X射線
  5.3  蛋白質晶體學為什麼需要X射線
  5.4  X衍射的產生
  5.5  同步輻射光源
  參考文獻
第6章  蛋白質晶體幾何學基礎
  6.1  蛋白質晶系
    6.1.1  蛋白質晶體的組成
    6.1.2  蛋白質晶系類型
  6.2  蛋白質晶體的對稱性
  6.3  蛋白質晶體的空間群
  6.4  晶體學空間群表
    6.4.1  對稱操作方向
    6.4.2  空間
    6.4.3  空間
    6.4.4  空間群C
    6.4.5  空間
    6.4.6  空間
    6.4.7  空間群C
    6.4.8  空間群I
  6.5  蛋白質晶體的衍射基礎
    6.5.1  蛋白質晶體發生X衍射的條件
    6.5.2  晶格平面與衍射圖案之間的關係
  6.6  蛋白質晶體數據的解析度
  參考文獻
第7章  蛋白質晶體的數據收集
  7.1  同步輻射光源線站
  7.2  蛋白質晶體的上樣
  7.3  收集參數設置與數據收集
    7.3.1  樣品與檢測器的距離
    7.3.2  曝光時間
    7.3.3  旋轉角度
    7.3.4  檢測限和檢測飽和
    7.3.5  光斑大小
    7.3.6  輻射損傷
    7.3.7  波長
    7.3.8  數據收集
  7.4  衍射圖案包含的信息
  參考文獻
第8章  蛋白質晶體結構解析
  8.1  數據質量分析
    8.1.1  蛋白質晶體可能存在的缺陷
    8.1.2  數據質量相關的常見概念
  8.2  原始數據處理
    8.2.1  數據檢索
    8.2.2  數據整合
    8.2.3  數據合併和簡化

    8.2.4  數據質量判斷
  8.3  相位的確定
    8.3.1  相位問題
    8.3.2  解決相位的方法
  8.4  電子雲密度圖
    8.4.1  差異密度圖
    8.4.2  帕特森圖
  8.5  模型構建及優化
    8.5.1  模型的建立
    8.5.2  結構的修正和優化
  8.6  結構上傳
    8.6.1  DepositionID申請
    8.6.2  文件上傳
    8.6.3  文件處理及總結
    8.6.4  完善信息
    8.6.5  數據收集及優化統計表
  8.7  結構解析案例
    8.7.1  常見的分子置換
    8.7.2  數據存在tNCS的處理方式
    8.7.3  用AlphaFold協助結構解析
  參考文獻
第9章  蛋白質晶體學軟體介紹
  9.1  數據處理軟體
    9.1.1  HKL
    9.1.2  XDS
    9.1.3  CCP
    9.1.4  Phenix
  9.2  數據質量分析軟體
    9.2.1  Xtriage
    9.2.2  AIMLESS
  9.3  分子置換軟體
    9.3.1  Phaser
    9.3.2  Molrep
  9.4  優化軟體
  9.5  修正軟體
  參考文獻
第10章  靶向藥物的篩選方法
  10.1  藥物與蛋白質相互作用大小的表示方式
  10.2  藥物與蛋白質相互作用研究方法
    10.2.1  ?活測試方法
    10.2.2  表面等離子體共振
    10.2.3  生物膜干涉技術
    10.2.4  微量熱泳動技術
    10.2.5  熒光偏振實驗
    10.2.6  熒光共振能量轉移
    10.2.7  等溫滴定量熱法
    10.2.8  Pull-down實驗
    10.2.9  LCMS實驗
    10.2.10  核磁共振波譜
    10.2.11  蛋白質晶體學方法

  參考文獻
第11章  蛋白質晶體學在藥物發現中的應用
  11.1  藥物和蛋白質複合物晶體的培養
    11.1.1  共孵育
    11.1.2  浸泡
  11.2  藥物的確認和結構的構建
    11.2.1  藥物的確認
    11.2.2  藥物結構的構建
  11.3  蛋白質晶體結構在藥物篩選中的應用
    11.3.1  虛擬篩選
    11.3.2  從頭藥物設計
    11.3.3  結構修飾改造
  參考文獻

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