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單細胞組學基礎(全彩版科學出版社十四五普通高等教育研究生規劃教材)

  • 作者：編者:樊龍江|責編:張靜秋
  • 出版社：科學
  • ISBN：9787030793447
  • 出版日期：2024/11/01
  • 裝幀：平裝
  • 頁數：247
人民幣：RMB 98 元      售價：元
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內容大鋼
    本書系統介紹了一門全新的學科領域——單細胞組學的概念、技術及其數據概況。重點梳理和介紹了單細胞組學高通量測序技術及其數據分析方法，具體包括單細胞捕獲、擴增和測序技術、各類組學數據生物信息學分析內容、演算法及其主要軟體工具。
    本書適合開展單細胞組學研究的學生、教師、科研工作者和技術人員使用。
作者介紹
編者:樊龍江|責編:張靜秋
    樊龍江  浙江大學生物信息學研究所和作物科學研究所教授，生物信息學和作物遺傳育種專業博士生導師。教育部「新世紀優秀人才支持計劃」獲得者，浙江省生物信息學學會副理事長，德國DAAD訪問學者。自2000年起，直接參与浙江大學生物信息學學科籌建，為浙江大學第一批生物信息學專業導師。
目錄
序
前言
本書使用說明
第一章  緒論
  第一節  單細胞組學概述
    一、單細胞組學概念與研究對象
    二、單細胞組學發展歷史
  第二節  單細胞組學技術優勢及其應用
    一、技術優勢及其覆蓋領域
    二、領域應用概況
  第三節  單細胞組學展望與挑戰
    一、單細胞組學發展趨勢
    二、單細胞組學面臨的主要挑戰
  學科先鋒  我的導師湯富酬
第二章  單細胞分選與測定技術
  第一節  單細胞樣本製備
    一、樣本類型與要求
    二、懸液製備及分選
  第二節  單細胞轉錄組測序文庫製備與測序技術
    一、單細胞轉錄組測序文庫製備
    二、單細胞轉錄組測序技術
  第三節  單細胞基因組及表觀組測序技術
    一、單細胞基因組測序技術
    二、單細胞三維基因組測序技術
    三、單細胞表觀組測序技術
  第四節  單細胞蛋白質組和代謝組測序技術
    一、單細胞蛋白質組測序技術
    二、單細胞代謝組測序技術
  學科先鋒  我的導師DavidWeitz
第三章  空間組學成像與測定技術
  第一節  單細胞空間轉錄組學技術
    一、單細胞空間轉錄組學技術原理
    二、單細胞空間轉錄組實驗流程
  第二節  其他空間組學技術
    一、空間基因組學技術
    二、空間代謝組學技術
    三、空間多組學技術
  學科先鋒  超高解析度時空組學技術Stereo-seq橫空出世
第四章  單細胞轉錄組數據基礎分析
  第一節  測序數據預處理、比對與表達定量
    一、測序數據基本分析流程
    二、條形碼和UMI分析
  第二節  表達矩陣質控與優化
    一、質控
    二、標準化與歸一化
    三、數據優化
  第三節  特徵基因選擇、降維與聚類
    一、特徵基因選擇
    二、降維
    三、聚類

  第四節  標記基因鑒定與細胞類型註釋
    一、標記基因鑒定
    二、細胞類型註釋
  學科先鋒  Raul Satija與Georges Seurat
第五章  單細胞轉錄組數據高級分析
  第一節  擬時序分析
    一、擬時序分析原理與方法
    二、擬時序分析工具
  第二節  RNA速率分析
    一、RNA速率分析原理
    二、RNA速率分析方法與工具
  第三節  單細胞基因調控網路分析
    一、基因調控網路分析方法
    二、單細胞基因調控網路構建工具
  第四節  細胞通信
    一、細胞通信及其分析方法
    二、細胞通信分析工具
  第五節  單細胞遺傳變異分析
    一、單核?酸變異分析
    二、拷貝數變異分析
  學科先鋒  Cole Trapnell與擬時序分析（Monocle）
第六章  單細胞轉錄組數據專項分析
  第一節  單細胞免疫組庫分析
    一、單細胞免疫組庫技術原理
    二、單細胞免疫組庫數據分析
  第二節  單細胞CRISPR篩選分析
    一、單細胞CRISPR篩選技術原理
    二、單細胞CRISPR篩選數據分析
  第三節  單細胞微生物分析
    一、微生物細胞特徵及其轉錄組測序技術
    二、微生物單細胞轉錄組數據分析方法
      學科先鋒  PeterKharchenko、StenLinnarsson與RNA速率分析
第七章  空間轉錄組數據分析
  第一節  空間轉錄組數據預處理
    一、數據獲取
    二、測序數據預處理
    三、圖像數據預處理
  第二節  空間轉錄組基礎分析
    一、空間可變基因識別
    二、空間域聚類識別與細胞類型註釋
  第三節  空間轉錄組高級分析
    一、空間鄰域與細胞通信分析
    二、3D重構與時空高維模擬分析
  學科先鋒  FabianTheis與Scanpy及其他
第八章  單細胞其他組學數據分析
  第一節  單細胞基因組分析
    一、單細胞基因組變異鑒定
    二、單細胞基因組拼接
    三、單細胞三維基因組分析
  第二節  單細胞表觀組分析

    一、單細胞染色質可及性分析
    二、單細胞甲基化分析
  第三節  單細胞蛋白質組和代謝組分析
    一、單細胞蛋白質組分析
    二、單細胞代謝組分析
  第四節  單細胞多組學數據聯合分析
    一、單細胞多組學技術概述
    二、單細胞多組學數據分析
  學科先鋒  謝曉亮與單細胞基因組測序
第九章  單細胞組學演算法基礎
  第一節  單細胞數據分析的基本數學問題
  第二節  歸一化、降維、可視化與聚類
    一、歸一化
    二、降維
    三、可視化
    四、聚類
  第三節  軌跡與RNA速率分析演算法
    一、軌跡分析演算法
    二、RNA動力學相關演算法
  第四節  其他演算法
    一、實驗數據優化演算法
    二、單細胞多組學整合演算法
    三、空間組學數據分析演算法
  學科先鋒  青年先鋒邱肖傑
第十章  單細胞組學驗證實驗
  第一節  單細胞組學研究與驗證實驗
    一、單細胞組學研究結果需要實驗驗證
    二、實驗驗證主要方式
  第二節  單細胞組學驗證實驗方法
    一、生物學驗證實驗
    二、組學數據交叉驗證
  學科先鋒  AvivRegev與人類細胞圖譜
主要參考文獻
附錄1  單細胞組學主要資料庫與分析工具
  一、單細胞組學資料庫和在線分析平台
  二、主要開源單細胞組學分析工具
附錄2  單細胞組學在線教程與資料
附錄3  單細胞組學主要英文術語釋義

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