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植物氧化還原?(起源進化與功能研究)

  • 作者:李強|責編:劉曉婷//林俐
  • 出版社:化學工業
  • ISBN:9787122461339
  • 出版日期:2024/11/01
  • 裝幀:平裝
  • 頁數:180
人民幣:RMB 98 元      售價:
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內容大鋼
    本書是關於植物氧化還原?的系統性研究成果的匯總,涉及多個植物氧化還原?家族的挖掘、鑒定,並對其起源、進化和功能等進行研究。作者團隊創立過氧化物?專業資料庫PeroxiBase,並多次升級至最新版本氧化還原?專業資料庫RedOxiBase;開發了多個用於氧化還原?家族鑒定、分析的工具和流程;構建了植物中幾個過氧化物?家族的起源模型、劑量進化模型,基因和蛋白質結構進化模型;研究了氧化還原?在植物生物脅迫應答中的功能等。本書對本團隊的以上工作進行了介紹。
    本書可供從事氧化還原生物學、生物信息學、資料庫學、植物基因組學和分子生物學等分支學科教學、科研的高校師生和科研機構研究人員參考。

作者介紹
李強|責編:劉曉婷//林俐
    李強     1984年生,于2015年在法國圖盧茲第三大學(UPS)/法國國家科學研究中心(CNRS)植物科學研究室(LRSV) 獲得植物發育學博士學位。     法國國家植物基因組資源中心(CNRGV)訪問學者,現為西南大學副教授、碩士研究生導師。     氧化還原?專業資料庫RedOxiBase的開發者和數據註釋專家。長期從事植物氧化還原?相關研究,在國內外期刊發表研究論文60余篇,擔任20余家國內外雜誌的評審專家。

目錄
第一篇  活性氧相關理論與國內外研究概述
  第一章  活性氧及其穩態
    第一節  活性氧
      一、活性氧的概念
      二、活性氧產生的位置
      三、活性氧的功能
      四、活性氧過量產生的脅迫條件
      五、活性氧的氧化損傷
    第二節  活性氧穩態調控
      一、活性氧是一把「雙刃劍」
      二、非?促系統
      三、?促系統
  第二章  CⅢ類過氧化物?
    第一節  CⅢ類過氧化物?的?促循環
    第二節  CⅢ類過氧化物?的功能多樣性
      一、CⅢ類過氧化物?參與細胞壁木質化
      二、CⅢ類過氧化物?參與植物非生物脅迫響應
      三、CⅢ類過氧化物?參與植物生物脅迫響應
第二篇  氧化還原?資料庫與多基因家族註釋
  第三章  氧化還原?資料庫
    第一節  CⅢ類過氧化物?資料庫
      一、CⅢ類過氧化物?資料庫PeroxiBase
      二、過氧化物?資料庫
      三、過氧化物?家族分類工具PeroxiScan
    第二節  過氧化物?進化分析資料庫
      一、過氧化物?資料庫的升級概述
      二、多參數檢索
      三、多基因家族半自動註釋
      四、基因家族分類工具:新PeroxiScan
      五、進化分析的新工具:PhyML
      六、基因結構分析的可視化工具:GECA
      七、新數據類型和展示方式
      八、更多的數據量
      九、新PeroxiBase的工作流程
      十、資料庫的基本功能:BrowsetheDatabase
    第三節  RedOxiBase:活性氧穩態調節蛋白質資料庫
      一、RedOxiBase概述
      二、新的交互界面
      三、進化分析的新工具:Orthogroup
      四、比較基因組學的新工具:Circos和Chromodraw
      五、蛋白質表達分析工具:ExpressWeb
  第四章  氧化還原?多基因家族註釋
    第一節  基因家族自動註釋:問題和解決方案
      一、核酸測序和組裝
      二、基因註釋的熱潮
      三、基因組註釋的方法與步驟
      四、基因組註釋偏差
      五、改進基因組自動註釋偏差的方法
    第二節  氧化還原?家族專屬註釋流程
      一、氧化還原?自動註釋錯誤率高

      二、氧化還原?自動註釋常見錯誤
      三、氧化還原?家族註釋的專用流程
第三篇  氧化還原?的起源與進化
  第五章  氧化還原?的起源
    第一節  非動物過氧化物?的起源
      一、非動物過氧化物?
      二、非動物過氧化物?有保守的3D結構
      三、CⅢPrx起源的基因結構證據
    第二節  非動物過氧化物?的基因劑量進化
      一、數據來源和過氧化物?註釋
      二、非動物過氧化物?具有特定的分類學分佈
    第三節  非動物過氧化物?的蛋白劑量進化
      一、生物體的培養和收集
      二、APX、CcP和CⅢ過氧化物?的活性測定
      三、CⅢ過氧化物?在陸生植物中的活性高於藻類
    第四節  植物過氧化物?的起源和進化模型
  第六章  氧化還原?基因的獲得與丟失
    第一節  數據來源和基因註釋
      一、數據來源
      二、氧化還原?的註釋流程
      三、註釋結果
      四、實驗檢測是必要且有效檢測「遺漏」基因的步驟
    第二節  四個桉樹物種中的11個ROS調控家族的比較
      一、進化過程中的基因得失事件
      二、氧化還原?基因家族的表達譜
      三、四個桉樹物種的分化
  第七章  過氧化物?基因的複製與「熱點」
    第一節  氧化還原?的系統發育和染色體定位
      一、氧化還原?的系統發育分析
      二、氧化還原?基因的染色體定位和「熱點」現象
    第二節  氧化還原?基因家族的保守性
      一、氧化還原?基因家族具有不同的保守性
      二、大小變異的家族包含基因複製事件
      三、重複的基因具有不同的表達譜
  第八章  植物CⅢPrx的基因結構進化
    第一節  植物CⅢPrx基因結構鑒定
    第二節  CⅢPrx家族的結構差異
      一、CⅢPrx的內含子類型
      二、低等植物CⅢPrx基因結構
      三、CⅢPrx的多種基因結構類型
    第三節  單、雙子葉植物CⅢPrx基因結構分化
      一、內含子頻率差異
      二、內含子數量差異
      三、內含子大小差異
    第四節  CⅢPrx基因結構進化
      一、CⅢPrx的經典內含子經歷了內含子丟失事件
      二、CⅢPrx的稀有內含子經歷了內含子增益事件
      三、CⅢPrx基因祖先結構和進化模型
  第九章  CⅢPrx的蛋白質結構進化
    第一節  CⅢPrx的二硫鍵結構進化

      一、CⅢPrx的二硫鍵結構
      二、CⅢPrx的二硫鍵缺失
    第二節  CⅢPrx的保守基序進化
第四篇  ROS調控蛋白與植物抗病相關性研究
  第十章  CⅢPrx家族與植物抗病相關性
    第一節  柑橘CⅢPrx家族鑒定
      一、柑橘CⅢPrx家族的鑒定流程
      二、柑橘CⅢPrx家族
    第二節  柑橘CⅢPrx家族的生物信息學分析
      一、柑橘CⅢPrx家族的系統發育分析
      二、柑橘CⅢPrx家族的基因結構和保守基序
      三、柑橘CⅢPrx的種內和種間共線性分析
      四、柑橘CⅢPrx家族的染色體定位
      五、柑橘CⅢPrx家族基因的強純化選擇
    第三節  柑橘CⅢPrx家族的表達分析
      一、Xcc誘導柑橘CⅢPrx的表達
      二、激素誘導柑橘CⅢPrx的表達
      三、兩個柑橘CⅢPrx的亞細胞定位分析
  第十一章  Cat家族與植物抗病相關性
    第一節  CsCat01克隆與生物信息學分析
      一、CsCat01編碼序列和啟動子克隆
      二、CsCat01生物信息學分析
      三、CsCat01系統發育分析
    第二節  CsCat01的表達分析
      一、CsCat01受植物激素的誘導表達分析
      二、CsCat01受柑橘潰瘍病菌侵染的誘導表達分析
      三、柑橘潰瘍病菌誘導下CAT?活性和H2O2含量變化
      四、CsCat01調控柑橘對潰瘍病抗性的模型
  第十二章  APX家族與植物抗病相關性
    第一節  柑橘APX家族
      一、柑橘APX家族的鑒定
      二、柑橘APX家族的理化性質
    第二節  柑橘APX家族的生物信息學分析
      一、柑橘APX家族的系統發育分析、染色體定位、共線性分析和基因結構
      二、柑橘APX家族的保守基序和功能域分析
      三、柑橘APX家族的啟動子元件分析
      四、柑橘APX家族的蛋白質互作網路
    第三節  柑橘APX家族的表達分析
      一、植物激素對柑橘APX家族的誘導表達
      二、Xcc對柑橘APX家族的誘導表達
      三、CsAPX01和CsAPX02的瞬時表達
  第十三章  Rboh家族與植物抗病相關性
    第一節  Rboh類轉錄因子的研究背景
    第二節  柑橘Rboh家族
      一、柑橘Rboh家族鑒定和理化性質
      二、柑橘Rboh家族的二級結構
    第三節  柑橘Rboh家族的生物信息學特徵
      一、柑橘Rboh家族的系統進化分析
      二、柑橘Rboh家族的染色體定位和基因結構
      三、柑橘Rboh家族的多序列比對和功能結構域

      四、柑橘Rboh家族的保守基序分析
      五、柑橘Rboh家族的啟動子順式作用元件
    第四節  柑橘Rboh家族的表達模式
      一、激素誘導柑橘Rboh家族的表達模式
      二、柑橘潰瘍病菌誘導柑橘Rboh家族的表達模式
  第十四章  SOD家族與植物抗病相關性
    第一節  柑橘SOD家族
    第二節  柑橘SOD家族的生物信息學分析
      一、柑橘SOD家族在染色體上的分佈和基因結構
      二、柑橘SOD的功能結構域
      三、柑橘和擬南芥SOD家族的系統發育和共線性分析
      四、柑橘SOD家族蛋白的保守序列分析
      五、柑橘SOD基因啟動子中的順式元件和轉錄因子結合位點分析
    第三節  柑橘SOD家族的表達模式
      一、柑橘潰瘍病菌誘導的柑橘SOD家族表達模式
      二、植物激素誘導的CsSOD表達模式
      三、CsSOD06和CsSOD08的瞬時表達
附錄一  相關縮略詞
附錄二  相關軟體、程序和資料庫
附錄三  與本研究相關的論文
參考文獻
後記

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