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環形RNA的生物信息計算與應用研究

  • 作者：吳靜//宋曉峰|責編:王琰
  • 出版社：化學工業
  • ISBN：9787122449924
  • 出版日期：2024/06/01
  • 裝幀：平裝
  • 頁數：176
人民幣：RMB 128 元      售價：元
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內容大鋼
    本書介紹了環形RNA全長轉錄本序列重構和定量演算法CircAST，該演算法通過計算不同組織、不同疾病狀態下環形RNA轉錄本完整的序列組成和內部結構以及對環形RNA基於轉錄本水平的精確定量，幫助研究者更有效地篩選出具有潛在功能的環形RNA可變剪接異構體，為更加精準地全面解析環形RNA全長轉錄本提供了重要的工具，對環形RNA功能的深入研究具有重要意義。
    本書可供生物信息學、系統生物學、計算生物學等學科的研究人員參考，也可作為高等院校相關專業的教材或教學參考書。
作者介紹
吳靜//宋曉峰|責編:王琰
目錄
第1章  緒論
  1.1  環形RNA概述
  1.2  環形RNA的生物學功能
  1.3  環形RNA的識別計算
  1.4  環形RNA內部結構的探索及定量估計研究
第2章  環形RNA全長轉錄本序列組裝的計算研究
  2.1  引言
  2.2  基於EMPC演算法的環形RNA全長轉錄本序列重構方法
    2.2.1  基於參考基因組的轉錄本組裝
    2.2.2  環形RNA全長轉錄本序列組裝
  2.3  模擬數據驗證
    2.3.1  環形轉錄組測序模擬數據生成工具
    2.3.2  模擬數據集
    2.3.3  演算法性能評估
    2.3.4  環形RNA轉錄本重構的複雜性分析
  2.4  實驗驗證
    2.4.1  小鼠睾丸環形RNA測序數據的準備
    2.4.2  小鼠睾丸環形RNA組裝結果
    2.4.3  用RT-PCR和Sanger測序對組裝結果進行驗證
    2.4.4  演算法對真實數據的重構效率分析
  2.5  與現有演算法的比較
  2.6  小結
第3章  環形RNA轉錄本定量計算研究
  3.1  引言
  3.2  基於EM演算法的環形RNA轉錄本定量計算方法
  3.3  模擬數據驗證
    3.3.1  模擬數據集
    3.3.2  演算法性能評估
  3.4  實驗驗證
  3.5  與現有演算法的比較
  3.6  人細胞系、小鼠睾丸和原雞肌肉中環形RNA的表達與分析
  3.7  小結
第4章  小鼠睾丸和卵巢中環形RNA全長轉錄本表達譜分析
  4.1  引言
  4.2  材料和方法
    4.2.1  樣本數據集的製備
    4.2.2  環形RNA全長轉錄本序列組裝和定量分析
    4.2.3  環形RNA可變剪接體的差異表達分析
    4.2.4  功能富集分析
    4.2.5  circRNA-miRNA-mRNA調控網路構建
  4.3  結果
    4.3.1  小鼠睾丸和卵巢組織中環形轉錄本的概貌
    4.3.2  小鼠睾丸和卵巢組織中環形轉錄本的表達特徵
    4.3.3  對差異表達環形轉錄本的分析
    4.3.4  circRNA-miRNA-mRNA相互作用調控網路
  4.4  小結
第5章  人腦膠質瘤樣本中環形RNA全長轉錄本表達譜分析
  5.1  引言
  5.2  材料和方法
    5.2.1  樣本數據集

    5.2.2  環形RNA轉錄本序列重構和定量分析
    5.2.3  差異表達環形RNA轉錄本的鑒定
    5.2.4  GO功能富集和KEGG信號通路分析
    5.2.5  miRNA預測和ceRNA網路構建
  5.3  結果
    5.3.1  人腦膠質瘤樣本中環形轉錄本的概貌
    5.3.2  對照樣本和疾病樣本中環形轉錄本的特徵
    5.3.3  環形轉錄本差異表達分析
    5.3.4  circRNA介導的ceRNA網路
  5.4  小結
附錄
  附錄1  縮略語
  附錄2  小鼠睾丸組織環形RNA內部新的可變剪接事件
  附錄3  RT-PCR實驗所用引物信息
  附錄4  人類HeLa細胞系中環形RNA內部新的可變剪接事件
  附錄5  人類HEK293細胞系中環形RNA內部新的可變剪接事件
  附錄6  人類Hs68細胞系中環形RNA內部新的可變剪接事件
  附錄7  原雞肌肉組織中環形RNA內部新的可變剪接事件
參考文獻

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