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非編碼RNA的功能與預測--剪切后內含子潛在的生物學功能

  • 作者：編者:趙小慶//李宏//路戰遠|責編:肖楊
  • 出版社：中國農業
  • ISBN：9787109309364
  • 出版日期：2023/07/01
  • 裝幀：平裝
  • 頁數：143
人民幣：RMB 65 元      售價：元
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內容大鋼
    非編碼RNA是基因組「暗物質」的重要組成部分，基因表達及生命新陳代謝調控網路系統的關鍵環節，剪切后內含子就是一類最重要和最特殊的非編碼RNA。通過系統研究剪切后內含子與相應mRNA匹配分佈規律及作用機制，揭示剪切后內含子主體功能因子的弱調控作用對探索剪切后內含子的生物學功能甚至其他mRNA的功能具有里程碑式的意義。本書研究成果可為現在動植物分子育種、病害檢測與治理、種質資源系統進化與鑒定提供新的思路和手段，也可為人類健康與疾病預防等提供新的途徑和獨特視野。
作者介紹
編者:趙小慶//李宏//路戰遠|責編:肖楊
目錄
序
第一章  緒論
  1.1  研究背景
  1.2  真核基因的內含子特徵
    1.2.1  AG-GT型內含子的特徵
    1.2.2  AT-AC型內含子的特徵
  1.3  內含子的進化
    1.3.1  內含子的起源
    1.3.2  內含子的獲得與丟失
  1.4  內含子的功能
    1.4.1  內含子的生物學功能
    1.4.2  內含子對mRNA的代謝功能
  1.5  剪接體內含子促進逆境下細胞生存
  1.6  ncRNA調控基因表達的功能
    1.6.1  siRNA
    1.6.2  microRNA (miRNA)
    1.6.3  piRNA
    1.6.4  長非編碼RNA
    1.6.5  環狀RNA
    1.6.6  剪切后內含子
第二章  研究方法
  2.1  全局比對
  2.2  mRNA摺疊
  2.3  鹼基匹配局域比對方法
  2.4  結合自由能加權局域比對方法
  2.5  新對稱相對熵局域進化關聯方法
  2.6  區域匹配頻率分佈統計方法
  2.7  信息熵分析
  2.8  對照序列構建方法
第三章  線蟲核糖核蛋白基因內含子與其相應編碼序列的相互作用
  3.1  資料庫
  3.2  三類內含子序列上的最佳匹配頻率分佈
    3.2.1  三類內含子序列上與編碼序列的最佳匹配頻率分佈
    3.2.2  三類內含子序列上與相應外顯子序列的最佳匹配頻率分佈
  3.3  長、短內含子序列上的最佳匹配頻率分佈
  3.4  編碼序列上與相應的內含子序列的最佳匹配頻率分佈
  3.5  長、短內含子的序列特徵
  3.6  結果與討論
    3.6.1  結果
    3.6.2  討論
第四章  低等真核生物核糖核蛋白基因內含子與相應編碼序列的
    相互作用
  4.1  資料庫
  4.2  內含子的最佳匹配頻率分佈
    4.2.1  不同內含子位置的最佳匹配頻率分佈
    4.2.2  長、短內含子的最佳匹配頻率分佈
    4.2.3  酵母內含子的最佳匹配頻率分佈
  4.3  編碼序列的最佳匹配頻率分佈
  4.4  外顯子連接處的最佳匹配頻率分佈
  4.5  序列特徵分析

    4.5.1  內含子最佳匹配片段的序列特徵
    4.5.2  內含子最佳匹配區域的序列特徵
  4.6  結果與討論
    4.6.1  剪接后內含子在基因表達中可能的功能
    4.6.2  蛋白因子結合位點的預測
    4.6.3  弱相互作用
第五章  線蟲外顯子和內含子之間的序列匹配偏好與日C結合區域的關係
  5.1  數據集
  5.2  最佳匹配片段的序列特徵和結構
    5.2.1  最佳匹配片段的序列特徵
    5.2.2  最佳匹配片段的序列結構
  5.3  最佳匹配區域對外顯子連接序列F值的影響
    5.3.1  最佳匹配區域的GC含量對外顯子連接序列F值的影響
    5.3.2  最佳匹配區域CG二核?酸對外顯子連接序列F值的影響
    5.3.3  最佳匹配區域參數Am對外顯子連接序列F值的影響
  5.4  對比所有內含子
  5.5  結果與討論
    5.5.1  EJC結合區域
    5.5.2  競爭和協作機制
第六章  線蟲全基因組內含子與其相應編碼序列的相互作用
  6.1  數據集
  6.2  成熟-mRNA序列上相對匹配頻率的分佈
  6.3  功能位點區域上相對匹配頻率的分佈
    6.3.1  AUG區域和UAA區域的匹配頻率分佈
    6.3.2  EE區域的匹配頻率分佈
  6.4  最佳匹配片段的序列特徵
    6.4.1  配對率和長度分佈
    6.4.2  G+C含量和D2值
  6.5  其他內含子序列與成熟mRNA序列的匹配頻率分佈
  6.6  結論
第七章  基於結合自由能加權局域比對和新對稱相對熵的進化關聯
    比對分析內含子與相應mRNA序列的相互作用關係
  7.1  成熟mRNA序列上匹配和相對進化關聯頻率的分佈
  7.2  功能位點區域相對匹配和進化關聯頻率的分佈
    7.2.1  AUG區域和UAA區域的頻率分佈
    7.2.2  EE區域的相對進化關聯頻率分佈
  7.3  最佳匹配和進化關聯片段的序列特徵
    7.3.1  長度和G+C含量分佈
    7.3.2  鹼基關聯分析
  7.4  結論
第八章  內含子長度進化機制
  8.1  數據集
  8.2  內含子序列上最佳匹配頻率分佈
  8.3  內含子序列的進化
  8.4  內含子結構特徵
  8.5  內含子長度進化機制
  8.6  結果與討診
第九章  核糖核蛋白基因mRNA序列與相應內含子的序列匹配偏好
  9.1  數據集
  9.2  mRNA序列上最佳匹配頻率分佈

  9.3  編碼序列上最佳匹配頻率分佈
    9.3.1  編碼序列的最佳匹配頻率分佈
    9.3.2  翻譯起始區域的最佳匹配頻率分佈
    9.3.3  翻譯終止區域的最佳匹配頻率分佈
    9.3.4  外顯子連接處的最佳匹配頻率分佈
  9.4  結果與討論
第十章  內含子與其相應mRNA序列相互作用的普適性分析
  10.1  數據集
  10.2  mRNA的最佳匹配頻率分佈
  10.3  功能位點附近的最佳匹配頻率分佈
    10.3.1  翻譯起始位點的最佳匹配頻率分佈
    10.3.2  翻譯終止位點的最佳匹配頻率分佈
    10.3.3  第一外顯子連接處的最佳匹配頻率分佈
    10.3.4  最後外顯子連接處的最佳匹配頻率分佈
    10.3.5  中間外顯子連接處的最佳匹配頻率分佈
  10.4  內含子最佳匹配片段的序列特徵
    10.4.1  配對率和長度分佈
    10.4.2  GC含量和D2值
  10.5  結果與討論
第十一章  總結與展望
  11.1  工作總結
  11.2  工作展望
參考文獻
附錄

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