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豬基因組選擇(精)/中國豬業科學與技術創新系列叢書

  • 作者：編者:潘玉春//王起山//馬裴裴//張哲|責編:魏巍|總主編:黃路生//印遇龍//陳煥春//張改平//姚斌
  • 出版社：中國農業大學
  • ISBN：9787565529375
  • 出版日期：2023/03/01
  • 裝幀：精裝
  • 頁數：195
人民幣：RMB 95 元      售價：元
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內容大鋼
    本書系統介紹了豬遺傳改良中基因組選擇所涉及的統計模型、信息技術、軟體平台等基本理論、方法及其在應用中的主要環節。全書共分13章，第1章為導論，第2?8章重點介紹豬基因組選擇的基本原理，第9?11章介紹開展基因組選擇的三大環節——表型組測定、基因組檢測、信息化體系，第12?13章介紹聯合育種體系建設和利用基因組選擇平台選種選配。本書具有先進性、實踐性、實用性等特點，可作為科研人員、企業技術人員、畜牧行政人員及政府管理人員的參考書。
作者介紹
編者:潘玉春//王起山//馬裴裴//張哲|責編:魏巍|總主編:黃路生//印遇龍//陳煥春//張改平//姚斌
目錄
第1章  導論
  1.1  選擇的基本原理
    1.1.1  繁育生產體系
    1.1.2  選種、選配流程
    1.1.3  育種值的概念
    1.1.4  選擇反應
  1.2  育種值的傳統估計
    1.2.1  單性狀
    1.2.2  多性狀
  1.3  最優線性無偏預測
    1.3.1  基本原理
    1.3.2  模型偏差
    1.3.3  實際應用
  1.4  標記輔助選擇與基因組選擇
    1.4.1  標記輔助選擇
    1.4.2  基因組選擇
  1.5  全國生豬遺傳改良計劃
    1.5.12  009-2020計劃
    1.5.22  021-2035計劃
第2章  最優線性無偏預測
  2.1  單性狀BLUP模型
    2.1.1  模型方法
    2.1.2  數據演示
    2.1.3  程序代碼
  2.2  多性狀BLUP模型
    2.2.1  模型方法
    2.2.2  數據演示
    2.2.3  程序代碼
  2.3  縱向數據隨機回歸模型
    2.3.1  模型方法
    2.3.2  數據演示
    2.3.3  程序代碼
第3章  貝葉斯基因組預測
  3.1  基因組選擇
  3.2  貝葉斯方法
    3.2.1  模型
    3.2.2  BayesA
    3.2.3  BayesB
    3.2.4  BayesC
    3.2.5  Bayes Lasso
  3.3  案例演示
    3.3.1  數據
    3.3.2  使用代碼
    3.3.3  結果分析
第4章  基因組最優線性無偏預測
  4.1  GBLUP原理
    4.1.1  最小二乘法
    4.1.2  SNP-BLUP
    4.1.3  GBLUP
  4.2  基因組親緣關係矩陣的構建方法

    4.2.1  VanRaden法
    4.2.2  賦權法
  4.3  考慮顯性效應的模型
  4.4  多性狀模型
  4.5  GBLUP的應用
    4.5.1  模擬數據
    4.5.2  基因組預測
第5章  一步法基因組預測
  5.1  ssGBLUP原理
  5.2  G矩陣與A矩陣的兼容性
  5.3  一步貝葉斯回歸法(ssBR)
  5.4  多性狀模型
  5.5  多群體ssGBLUP
  5.6  一步法在豬基因組選擇中的應用
  5.7  基因組選擇準確性及其影響因素
    5.7.1  基因組選擇準確性的衡量指標
    5.7.2  影響基因組選擇準確性的因素
第6章  基於機器學習的基因組預測
  6.1  演算法模型
    6.1.1  人工神經網路
    6.1.2  決策樹
    6.1.3  集成學習演算法
    6.1.4  SVM
  6.2  案例演示
  6.3  程序代碼
第7章  兼顧雜種與遺傳義環境互作的基因組預測
  7.1  兼顧雜種與純種的預測模式
    7.1.1  基於BLUP的兼顧雜種的預測方法
    7.1.2  兼顧雜種的基因組選擇方法
  7.2  兼顧遺傳與環境互作的基因組選擇
    7.2.1  遺傳與環境互作對我國養豬業的影響
    7.2.2  互作模型
    7.2.3  多性狀模型
    7.2.4  反應規範模型
  7.3  實例演示
    7.3.1  兼顧雜種的基因組選擇
    7.3.2  兼顧遺傳與環境互作的基因組選擇
第8章  選種與選配
  8.1  選種
    8.1.1  最佳貢獻選擇法
    8.1.2  最優單倍體值法
    8.1.3  最優群體值法
    8.1.4  前贍選擇法
  8.2  選配
第9章  表型組測定
  9.1  圍繞育種目標的表型性狀
    9.1.1  繁殖性狀
    9.1.2  生長性狀
    9.1.3  胴體與肉質性狀
    9.1.4  健康性狀

    9.1.5  體型性狀
  9.2  各國表型組測定方案
    9.2.1  中國生豬育種改良體系
    9.2.2  美國國家種豬登記協會
    9.2.3  加拿大生豬改良中心
    9.2.4  丹育公司
    9.2.5  PIC
    9.2.6  加拿大加裕公司
    9.2.7  海波爾公司
    9.2.8  Nucleus種豬基因公司
  9.3  基因組時代的表型組學
    9.3.1  新性狀和可重新審視的標準性狀
    9.3.2  高維問題
    9.3.3  發展方向
  9.4  我國豬育種表型組發展方向
第10章  基因組檢測
  10.1  第三代分子標記
  10.2  SNP檢測平台
    10.2.1  SNP晶元
    10.2.2  測序技術
    10.2.3  全基因組測序
    10.2.4  簡化基因組測序
  10.3  缺失基因型填補
    10.3.1  單倍型定相
    10.3.2  基因型填補
  10.4  基因組檢測最優方案
    10.4.1  現有檢測方法的優劣勢
    10.4.2  基因組檢測新方法
第11章  信息化體系
  11.1  個體號標識及高效識別
  11.2  表型組數據高效收集
    11.2.1  繁殖性狀
    11.2.2  生長性狀
    11.2.3  胸體與肉質性狀
    11.2.4  健康性狀與環境數據監測
    11.2.5  體型外貌
  11.3  基因組數據處理規範
    11.3.1  原始測序數據質量評估與過濾
    11.3.2  去重(demultiplex)與文庫質量評估
    11.3.3  測序數據到參考基因組的比對
第12章  聯合育種
  12.1  聯合方式
    12.1.1  繁育體系結構
    12.1.2  大白豬的聯合育種模式
    12.1.3  長白豬的聯合育種模式
    12.1.4  社洛克豬的聯合育種模式
    12.1.5  種豬繁育區域布局
  12.2  基於基因組的跨場親緣關係矩陣
    12.2.1  直接構建
    12.2.2  兼顧各群休遺傳結構的構建方法

  12.3  多群體基因組選擇
    12.3.1  多性狀、單一親緣關係矩陣模型
    12.3.2  多性狀、雙親緣關係矩陣模型
  12.4  實例演示
    12.4.1  利用PyAGH軟體構建多群體親緣關係矩陣
    12.4.2  多群體基因組選擇案例
第13章  網路平台
  13.1  Alpha index數據資源
    13.1.1  用於基因組填補單體型資源
    13.1.2  表型資源
  13.2  Alpha index應用
    13.2.1  基因組填補和管理平台
    13.2.2  豬場生產管理
    13.2.3  育種值計算個性化選擇指數制定
    13.2.4  同態加密基因組選擇平台
參考文獻

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