幫助中心 | 我的帳號 | 關於我們
進階搜尋
car

同類熱銷排行榜

最近瀏覽的商品

微生物擴增子高通量測序數據分析

  • 作者：編者:許繼飛|責編:冉海瀅//劉軍
  • 出版社：化學工業
  • ISBN：9787122435286
  • 出版日期：2023/09/01
  • 裝幀：平裝
  • 頁數：208
人民幣：RMB 88 元      售價：元
放入購物車
加入收藏夾
內容大鋼
    本書重點介紹了微生物擴增子高通量測序數據格式和數據質控、擴增子高通量數據分析方法、微生物多樣性分析、微生物群落結構及差異分析、基因功能預測、微生物與環境因子關聯分析及相關可視化等內容，兼具分析理論和方法實操。從實驗設計、質量控制、數據分析到可視化圖表，由淺入深，循序漸進，為廣大讀者提供了一本系統的擴增子高通量測序數據分析的實戰工具書。
    本書適合廣大生物信息學、生物技術、生態、環境、食品、醫學等相關領域的科研人員和相關專業師生閱讀參考。
作者介紹
編者:許繼飛|責編:冉海瀅//劉軍
目錄
第1章  測序數據
  1.1  示例數據
    1.1.1  分析目標
    1.1.2  採樣點概況
    1.1.3  理化數據
    1.1.4  擴增子高通量測序數據
  1.2  文件類型
  1.3  文件內容
    1.3.1  FASTQ存儲格式特點
    1.3.2  鹼基質量
  1.4  質量評估
    1.4.1  評估方法
    1.4.2  分析結果
    1.4.3  總體樣本質量
第2章  擴增子高通量數據分析
  2.1  分析平台
    2.1.1  平台介紹
    2.1.2  平台搭建
    2.1.3  Ubuntu系統
  2.2  構建特徵表
    2.2.1  數據導入
    2.2.2  去噪
    2.2.3  導出特徵表
    2.2.4  BIOM文件
  2.3  物種註釋
    2.3.1  參考資料庫
    2.3.2  訓練分類器
    2.3.3  物種組成
  2.4  小結
第3章  微生物多樣性分析
  3.1  PAST軟體
  3.2  Alpha多樣性
    3.2.1  數據導入
    3.2.2  計算多樣性指數
    3.2.3  Alpha多樣性指數
  3.3  稀釋曲線
  3.4  Beta多樣性
    3.4.1  數據導入
    3.4.2  距離矩陣
    3.4.3  UPGMA聚類分析
    3.4.4  群落差異檢驗
    3.4.5  排序分析
第4章  微生物群落結構及差異分析
  4.1  群落結構
    4.1.1  百分比堆積柱狀圖
    4.1.2  熱圖
    4.1.3  韋恩圖
    4.1.4  樣本–物種丰度關聯Circos弦裝圖
    4.1.5  小結
  4.2  差異分析

    4.2.1  統計檢驗
    4.2.2  LEfSe在線分析
第5章  基因功能預測
  5.1  PICRUSt
    5.1.1  配置環境
    5.1.2  標準分步流程
    5.1.3  KEGG通路層級匯總
  5.2  Tax4Fun
    5.2.1  配置環境
    5.2.2  運行分析
  5.3  FAPROTAX
    5.3.1  配置環境
    5.3.2  數據準備
    5.3.3  功能預測
  5.4  代謝通路丰度柱狀圖
    5.4.1  基於PICRUSt2輸出數據繪圖
    5.4.2  基於Tax4Fun2輸出數據繪圖
    5.4.3  基於FAPROTAX輸出數據繪圖
  5.5  STAMP軟體
    5.5.1  導入數據
    5.5.2  假設檢驗
    5.5.3  分析可視化
    5.5.4  注意事項
第6章  微生物與環境因子關聯分析
  6.1  環境因子分析
  6.2  冗余分析
    6.2.1  分析原理
    6.2.2  分析步驟
    6.2.3  導出圖形
  6.3  網路分析
    6.3.1  分析原理
    6.3.2  Cytoscape
    6.3.3  Gephi
  6.4  隨機森林模型分析
    6.4.1  分析原理
    6.4.2  分析內容
參考文獻

  • 商品搜索：
  • | 高級搜索
首頁│ 新手上路│ 客服中心│ 關於我們│ 聯絡我們│ Top↑│
Copyrightc 1999~2008 美商天龍國際圖書股份有限公司 臺灣分公司. All rights reserved.
營業地址:臺北市中正區重慶南路一段103號1F 105號1F-2F
讀者服務部電話：02-2381-2033 02-2381-1863　時間：週一-週五 10:00-17:00
　服務信箱：bookuu@69book.com 客戶、意見信箱:cs@69book.com
ICP證：浙B2-20060032