基孔肯亞病毒理論與實驗技術指南/生命科學實驗指南系列

作者：編者:(新加坡)J.朱江昂//江瑞錦|責編:李悅//閆小敏|譯者:劉紅旗
出版社：科學
ISBN：9787030739605

出版日期：2023/02/01
裝幀：平裝
頁數：293

人民幣：RMB 198 元售價：元

內容大鋼

本書為Humana Press出版的「分子生物學方法」（Methods in Molecular Biology）系列叢書之一，原書作者都是相關領域的專家，針對基孔肯亞病毒研究相關的實驗技術方法，以標準操作規程（SOP）的體例，從基本概念、實驗原理到具體操作步驟，進行了詳盡描述。本書內容涵蓋了臨床和診斷病毒學、細胞和病毒培養實驗技術及細胞應答研究中的生物信息學與蛋白質組學方法、免疫學和動物模型研究、抗病毒藥物和疫苗研發。
本書可供從事病毒學基礎研究與臨床檢測的科研人員，以及從事病毒學相關學習和研究的本科生、碩士及博士研究生參考使用。

作者介紹

編者:(新加坡)J.朱江昂//江瑞錦|責編:李悅//閆小敏|譯者:劉紅旗

第一部分  臨床和診斷病毒學
第一章  基孔肯亞病毒進化和流行病學
  1.1  引言
  1.2  病毒的傳播循環和媒介
  1.3  病毒的歷史和起源
  1.4  2004年以來基孔肯亞病毒的流行病學和感染傳播情況
  1.5  基孔肯亞病毒在西半球的感染情況
  1.6  結語
  參考文獻
第二章  基孔肯亞病毒分子流行病學
  2.1  引言
  2.2  材料
    2.2.1  病毒RNA的提取
    2.2.2  一步法反轉錄-聚合?鏈反應(One-step RT-PCR)
    2.2.3  聚合?鏈反應(PCR)產物的瓊脂糖凝膠電泳和純化
    2.2.4  測序反應
    2.2.5  PCR測序產物的純化
  2.3  方法
    2.3.1  病毒RNA的提取
    2.3.2  一步法RT-PCR
    2.3.3  瓊脂糖凝膠電泳和純化PCR產物
    2.3.4  測序反應
    2.3.5  純化循環測序產物
    2.3.6  測序數據編輯
    2.3.7  系統發育樹的構建
  2.4  註釋
  參考文獻
第三章  高級遺傳方法學在基孔肯亞病毒進化和傳播追蹤溯源研究中的應用
  3.1  引言
  3.2  材料
  3.3  方法
    3.3.1  序列生成
    3.3.2  從公共資料庫獲得序列
    3.3.3  多序列比對
    3.3.4  序列多態性和基因突變分析
    3.3.5  中值連接進化網路的構建
    3.3.6  生成一個時間尺度的貝葉斯系統發育樹,並通過BEAST軟體包計算目標序列到最近的共同祖先的時間(tMRCA)以確定祖先的年代
    3.3.7  BEAST跟蹤輸出的可視化
    3.3.8  用BEAST系統發育樹輸出方式構建最大分支可信度樹
    3.3.9  一致最大分支可信度樹的可視化
    3.3.10  通過BEAST2軟體進行系統地理學分析來確定病毒株時空傳播特點
    3.3.11  用SPREAD軟體使系統地理學輸出可視化
  3.4  註釋
  參考文獻
第四章  基於合成?的抗體檢測方法診斷有無神經系統併發症的基孔肯亞病毒感染
  4.1  引言
  4.2  材料
    4.2.1  單向電泳
    4.2.2  雙向電泳
    4.2.3  電洗脫

    4.2.4  液相色譜-串聯質譜(LC-MS/MS)分析
    4.2.5  多?合成
    4.2.6  ?聯免疫吸附試驗(ELISA)
  4.3  方法
    4.3.1  單向電泳
    4.3.2  雙向電泳
    4.3.3  電洗脫
    4.3.4  蛋白液相色譜-串聯質譜(LC-MS/MS)分析
    4.3.5  多?合成
    4.3.6  ?聯免疫吸附試驗(ELISA)
  4.4  註釋
  參考文獻
第五章  E2糖蛋白在Sf9昆蟲細胞的表達和純化及其在血清學中的應用
  5.1  引言
  5.2  材料
    5.2.1  昆蟲表達組件的構建
    5.2.2  Sf9細胞的維持及E2糖蛋白的瞬時表達
    5.2.3  在昆蟲細胞中穩定表達E2糖蛋白
    5.2.4  穩定表達細胞的凍存
    5.2.5  自然分泌CHIKV-E2的純化
    5.2.6  基孔肯亞病毒的血清學診斷
  5.3  方法
    5.3.1  構建昆蟲表達組件
    5.3.2  Sf9細胞的維持和E2糖蛋白的瞬時表達
    5.3.3  E2糖蛋白在昆蟲細胞中的穩定表達
    5.3.4  穩定細胞的低溫保存
    5.3.5  純化自然分泌的CHIKV-E2蛋白
    5.3.6  CHIKV的血清學診斷
  5.4  註釋
  參考文獻
第六章  基於血清學工具的CHIKV感染診斷方法
  6.1  引言
  6.2  材料
  6.3  方法
    6.3.1  血清樣品的準備
    6.3.2  血清和病毒混合液的準備
    6.3.3  細胞培養
    6.3.4  用中和過的病毒感染細胞
    6.3.5  計算結果
  6.4  註釋
  參考文獻
第七章  使用咽拭子及尿液標本診斷基孔肯亞病毒感染及其評價
  7.1  引言
  7.2  材料
    7.2.1  病毒檢測
    7.2.2  ELISA檢測IgM抗體
    7.2.3  體外病毒分離
    7.2.4  體內病毒分離
  7.3  方法
    7.3.1  通過分子生物學技術和測序分析檢測病毒基因組

    7.3.2  IgM抗體捕獲-ELISA血清學檢測
    7.3.3  體外病毒分離
    7.3.4  體內病毒分離
  7.4  註釋
  參考文獻
第二部分  細胞培養?病毒複製和細胞反應
第八章  用蚊子細胞擴增基孔肯亞病毒
  8.1  引言
  8.2  材料
    8.2.1  培養C6/36細胞
    8.2.2  病毒擴增
  8.3  方法
    8.3.1  培養C6/36細胞
    8.3.2  病毒擴增
  8.4  註釋
  參考文獻
第九章  基孔肯亞病毒感染的定量分析——病毒蝕斑試驗
  9.1  引言
  9.2  材料
  9.3  方法
    9.3.1  收集用於蝕斑試驗的樣本
    9.3.2  接種BHK-21細胞于24孔板
    9.3.3  蝕斑試驗
  9.4  註釋
  參考文獻
第十章  實時RT-PCR檢測與定量分析基孔肯亞病毒
  10.1  引言
  10.2  材料
    10.2.1  寡核?酸序列
    10.2.2  病毒RNA提取
    10.2.3  常規RT-PCR
    10.2.4  PCR產物的瓊脂糖凝膠電泳及純化
    10.2.5  體外轉錄合成cDNA
    10.2.6  一步法SYBR Green I實時RT-PCR
    10.2.7  一步法TaqMan實時RT-PCR
  10.3  方法
    10.3.1  病毒RNA提取
    10.3.2  體外轉錄PCR產物的製備
    10.3.3  瓊脂糖凝膠電泳及PCR產物純化
    10.3.4  體外轉錄
    10.3.5  RNA轉錄物的純化
    10.3.6  總RNA產量的計算
    10.3.7  體外轉錄RNA拷貝數測定
    10.3.8  用於RNA絕對定量的標準品構建
    10.3.9  基於SYBR-Green Ⅰ的實時RT-PCR的絕對定量
    10.3.10  基於TaqMan的實時RT-PCR的絕對定量
    10.3.11  定量未知樣本中CHIKV載量
  10.4  註釋
  參考文獻
第十一章  伊蚊的基孔肯亞病毒感染

  11.1  引言
  11.2  材料
    11.2.1  含CHIKV的血液(CHIKV血飼)
    11.2.2  蚊子感染
    11.2.3  從蚊子收集CHIKV
    11.2.4  處理採集的蚊子臟器
  11.3  方法
    11.3.1  準備含病毒的血食物
    11.3.2  蚊子感染
    11.3.3  採集和處理受感染蚊蟲的臟器
    11.3.4  處理採集的蚊蟲組織器官
  11.4  註釋
  參考文獻
第十二章  人工血食物感染蚊蟲中CHIKV的分析
  12.1  引言
  12.2  材料
    12.2.1  蚊子的飼養
    12.2.2  製備含感染性CHIKV的血食物
    12.2.3  感染后蚊子的處理
    12.2.4  核酸的檢測與定量
  12.3  方法
    12.3.1  埃及伊蚊和白紋伊蚊群落的飼養
    12.3.2  蚊子感染性血飼流程
    12.3.3  暴露后蚊子處理：通過分析CPE檢測蚊子中的病毒
    12.3.4  暴露后蚊子處理：強迫唾液分泌
    12.3.5  CHIKV核酸檢測與定量
  12.4  註釋
  參考文獻
第十三章  基孔肯亞病毒生長與熒游標記：免疫熒光法檢測基孔肯亞病毒
  13.1  引言
  13.2  材料
    13.2.1  病毒生長
    13.2.2  熒光顯微鏡
    13.2.3  使用IFA進行血清學診斷
    13.2.4  流式細胞術
  13.3  方法
    13.3.1  細胞生長
    13.3.2  熒光顯微鏡下確定病毒的生長
    13.3.3  應用IFA進行血清學診斷
    13.3.4  流式細胞術測定病毒生長
  13.4  註釋
  參考文獻
第十四章  用蔗糖密度梯度分離和製備基孔肯亞病毒樣本用於透射電鏡觀察
  14.1  引言
  14.2  材料
    14.2.1  CHIKV的分離與擴增
    14.2.2  病毒純化
    14.2.3  負染色和免疫金標記法
  14.3  方法
    14.3.1  分離CHIKV

    14.3.2  CHIKV滴定
    14.3.3  大規模擴增CHIKV用於病毒純化
    14.3.4  聚乙二醇(PEG沉澱)純化病毒
    14.3.5  不連續的蔗糖梯度純化病毒
    14.3.6  負染法
    14.3.7  免疫膠體金標記
  14.4  註釋
  參考文獻
第十五章  酵母雙雜交篩選法研究病毒-宿主蛋白的相互作用
  15.1  引言
  15.2  材料
    15.2.1  GAL4 Y2H系統中使用的酵母菌株和質粒
    15.2.2  培養基
    15.2.3  酵母轉化
    15.2.4  準備酵母蛋白提取物
    15.2.5  BD病毒融合構建物自激活的檢測
    15.2.6  病毒-宿主相互作用文庫的篩選
    15.2.7  酵母菌落PCR
    15.2.8  多重庫質粒的排除
    15.2.9  限制性消化排除重複文庫質粒
    15.2.10  從酵母中分離捕獲質粒DNA
    15.2.11  大腸桿菌細胞中酵母質粒的轉化
    15.2.12  細菌菌落PCR
    15.2.13  分離大腸桿菌DH5α細胞中的質粒DNA
  15.3  方法
    15.3.1  酵母細胞的小量轉化
    15.3.2  準備酵母蛋白提取物
    15.3.3  自激活分析
    15.3.4  酵母雙雜交文庫篩選
    15.3.5  酵母菌落PCR
    15.3.6  消除多重庫質粒
    15.3.7  限制性?切消除重複文庫質粒
    15.3.8  從酵母中分離捕獲質粒DNA
    15.3.9  酵母質粒轉化大腸桿菌(DH5α)
    15.3.10  細菌克隆PCR和質粒DNA分離
    15.3.11  測序分析
  15.4  註釋
  參考文獻
第十六章  GelC-MS/MS在基孔肯亞病毒感染蛋白質組分析中的應用：製備用於分析的?段
  16.1  引言
  16.2  材料
    16.2.1  蛋白製備及定量
    16.2.2  SDS-聚丙烯?胺凝膠(SDS-PAGE)
    16.2.3  凝膠染色和脫色(考馬斯亮藍)
    16.2.4  凝膠染色和脫色(銀染)
    16.2.5  凝膠處理
    16.2.6  蛋白分析
  16.3  方法
    16.3.1  樣品製備(在組織培養板或培養瓶中培養的細胞)
    16.3.2  標本製備(臨床材料：白細胞)

    16.3.3  Lowry法測定蛋白濃度
    16.3.4  十二烷基硫酸鈉-聚丙烯?胺凝膠電泳(SDS-PAGE)
    16.3.5  凝膠染色和脫色(考馬斯亮藍)
    16.3.6  凝膠染色和脫色(銀染)
    16.3.7  還原/烷基化和凝膠內?切消化
  16.4  註釋
  參考文獻
第十七章  生物信息學方法研究基孔肯亞病毒感染過程中病毒與宿主的相互作用
  17.1  引言
  17.2  方法
    17.2.1  病毒蛋白結構
    17.2.2  鑒定基孔肯亞病毒和宿主的結構相似蛋白
    17.2.3  CHIKV與宿主蛋白相互作用的預測
    17.2.4  基因聚類與相互驗證
    17.2.5  結果解釋
  17.3  註釋
  參考文獻
第十八章  基孔肯亞病毒T細胞表位預測
  18.1  引言
  18.2  材料
    18.2.1  數據
    18.2.2  軟體
  18.3  方法
    18.3.1  結合物和非結合物的定義
    18.3.2  ?序列轉化為特徵性載體
    18.3.3  預測模型的建立
    18.3.4  預測模型的評價
    18.3.5  CHIKV T細胞表位的預測
  18.4  註釋
  參考文獻
第三部分  免疫學和動物模型研究
第十九章  基孔肯亞病毒小鼠模型
  19.1  引言
  19.2  材料
    19.2.1  新生小鼠的腦內感染
    19.2.2  3周齡到成年小鼠鼻內接種感染CHIKV
    19.2.3  新生小鼠的皮下接種
    19.2.4  14天到成年C57BL/6小鼠的足部皮下接種感染
  19.3  方法
    19.3.1  新生小鼠的腦內感染
    19.3.2  CHIKV鼻內感染3周齡到成年小鼠
    19.3.3  CHIKV皮下接種新生小鼠
    19.3.4  後肢皮下感染2周齡至成年C57BL/6小鼠
  19.4  註釋
  參考文獻
第二十章  使用ClonaCell-HY雜交瘤克隆試劑盒製備基孔肯亞病毒小鼠特異性單克隆抗體
  20.1  引言
  20.2  材料
    20.2.1  生物材料-細胞培養基和試劑
    20.2.2  其餘設備和物品

  20.3  方法
    20.3.1  用基孔肯亞病毒免疫接種小鼠
    20.3.2  SP2/0骨髓瘤細胞製備
    20.3.3  小鼠脾細胞製備
    20.3.4  融合
    20.3.5  融合細胞接種培養皿
    20.3.6  挑選克隆
    20.3.7  克隆和亞克隆篩選
  20.4  註釋
  參考文獻
第二十一章  免疫組化檢測福爾馬林固定和石蠟包埋組織中基孔肯亞病毒抗原
  21.1  引言
  21.2  材料
    21.2.1  石蠟切片
    21.2.2  免疫組化
  21.3  方法
    21.3.1  石蠟切片
    21.3.2  免疫組化
  21.4  註釋
  參考文獻
第四部分  抗病毒藥物和疫苗
第二十二章  抗基孔肯亞病毒的抗病毒策略
  22.1  引言
  22.2  治療CHIKV感染的抗病毒策略
    22.2.1  病毒侵入抑製劑
    22.2.2  病毒蛋白翻譯抑製劑
    22.2.3  病毒基因組複製抑製劑
    22.2.4  CHIKV nsP2抑製劑
    22.2.5  宿主靶點抑製劑
    22.2.6  未知靶點的抑製劑
  22.3  結論
  參考文獻
第二十三章  實時細胞分析鑒定基孔肯亞病毒的新型抗病毒化合物
  23.1  引言
  23.2  材料
    23.2.1  組織培養
    23.2.2  細胞
    23.2.3  病毒
    23.2.4  抗病毒化合物
    23.2.5  RTCA組件
  23.3  方法
    23.3.1  細胞增殖分析
    23.3.2  細胞毒性試驗
    23.3.3  抗病毒試驗
  23.4  註釋
  參考文獻
第二十四章  雙順反子桿狀病毒表達載體系統篩選干擾基孔肯亞病毒感染的化合物
  24.1  引言
  24.2  材料
    24.2.1  昆蟲細胞培養

    24.2.2  重組桿狀病毒產生與純化
    24.2.3  昆蟲細胞融合抑制試驗
    24.2.4  化合物體外抗CHIKV活性測定
  24.3  方法
    24.3.1  昆蟲細胞培養
    24.3.2  在Sf21細胞中產生重組桿狀病毒
    24.3.3  重組桿狀病毒的純化
    24.3.4  昆蟲細胞融合抑制試驗
    24.3.5  體外抗CHIKV活性測定
  24.4  註釋
  參考文獻
第二十五章  基孔肯亞病毒感染中和試驗：蝕斑減少中和試驗
  25.1  引言
  25.2  材料
  25.3  方法
    25.3.1  在12孔板準備細胞單層
    25.3.2  CHIKV-抗體免疫複合物的製備
    25.3.3  感染檢測
    25.3.4  蝕斑可視化
    25.3.5  蝕斑減少中和效價的測定
    25.3.6  微量中和試驗
  25.4  註釋
  參考文獻
第二十六章  CHIKV反向遺傳學研究方法
  26.1  引言
  26.2  材料
    26.2.1  病毒RNA提取
    26.2.2  反轉錄
    26.2.3  PCR擴增
    26.2.4  瓊脂糖凝膠電泳和膠回收
    26.2.5  DNA克隆
    26.2.6  RNA轉錄與加帽
    26.2.7  克隆衍生CHIKV複製與擴增
    26.2.8  定點突變
  26.3  方法
    26.3.1  病毒RNA提取與cDNA合成
    26.3.2  PCR擴增病毒cDNA片段
    26.3.3  將病毒cDNA克隆至質粒載體
    26.3.4  CHIKV RNA轉錄本合成
    26.3.5  通過RNA轉染獲得感染性克隆來源的CHIKV
    26.3.6  克隆來源的CHIKV擴增與特性研究
    26.3.7  通過定點突變技術將突變引入全長cDNA克隆
  26.4  註釋
  參考文獻
第二十七章  在昆蟲細胞中製備基孔肯亞病毒樣顆粒和亞單位疫苗
  27.1  引言
  27.2  材料
    27.2.1  細胞培養
    27.2.2  重組桿狀病毒Ac-sE1Ac-sE2和Ac-S27製備
    27.2.3  CHIKV-sE1和-sE2糖蛋白亞單位及VLP製備

    27.2.4  CHIKV-sE1和-sE2糖蛋白亞單位純化
    27.2.5  CHIKV-VLP純化
    27.2.6  CHIKV糖蛋白分析
  27.3  方法
    27.3.1  細胞培養
    27.3.2  重組桿狀病毒Ac-sE1Ac-sE2和Ac-S27製備
    27.3.3  CHIKV-sE1和-sE2亞單位及VLP製備
    27.3.4  sE1和sE2亞單位純化
    27.3.5  CHIKV-VLP純化
    27.3.6  CHIKV蛋白分析
  27.4  註釋
  參考文獻
第二十八章  基孔肯亞病毒DNA新型疫苗的研發程序
  28.1  引言
  28.2  材料
    28.2.1  體外轉染
    28.2.2  SDS-PAGE和Western blotting
    28.2.3  免疫熒光分析
    28.2.4  DNA疫苗免疫小鼠
    28.2.5  免疫小鼠脾細胞分離
    28.2.6  IFN-γ?聯免疫斑點試驗
    28.2.7  ?聯免疫吸附試驗(ELISA)
    28.2.8  流式細胞術和細胞內細胞因子染色試驗
    28.2.9  病毒中和試驗
    28.2.10  獼猴DNA質粒免疫研究
  28.3  方法
  28.3  DNA疫苗設計
  28.3  體外轉染
  28.3  SDS-PAGE和 Western blotting
  28.3  免疫熒光分析(IFA)
  28.3  DNA疫苗免疫小鼠
  28.3  免疫小鼠脾細胞分離
  28.3  IFN-γ?聯免疫斑點試驗
  28.3  ELISA結合實驗
  28.3  流式細胞術(FACS)和細胞內細胞因子染色(ICS)分析
  28.3  病毒中和試驗
  28.3  恆河猴DNA質粒免疫研究
  28.4  註釋
  參考文獻

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