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泡桐叢枝病發生的表觀遺傳學

  • 作者：編者:范國強|責編:張會格//劉晶
  • 出版社：科學
  • ISBN：9787030732644
  • 出版日期：2022/12/01
  • 裝幀：平裝
  • 頁數：348
人民幣：RMB 328 元      售價：元
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內容大鋼
    本書緊扣學科發展前沿，以白花泡桐基因組精細圖譜為基礎，反映泡桐叢枝病發生過程中表觀遺傳學的最新研究成果，重點介紹了叢枝病發生前後，泡桐染色質三維結構的差異、叢枝病發生相關基因和DNA甲基化變化、組蛋白甲基化和乙?化的異同，以及叢枝病發生相關ceRNA調控網路、叢枝病發生特異相關基因及其調控途徑。本書對逆境條件下林木功能基因挖掘和遺傳改良具有一定借鑒意義。
    本書可供植物病理、林學等相關專業的本科生、研究生、教師和從事相關研究的科研人員參考。
作者介紹
編者:范國強|責編:張會格//劉晶
目錄
第一章  緒論
  第一節  植物植原體病害
    一、植原體的發現及特徵
    二、植原體的分類及檢測方法
    三、植原體病原研究進展
    四、植原體致病機理研究
  第二節  泡桐叢枝病研究進展
    一、泡桐叢枝病概述
    二、泡桐叢枝病研究概況
  第三節  表觀遺傳學研究進展
    一、染色質三維構象的研究
    二、m6A甲基化修飾
    三、染色質開放性
    四、DNA甲基化
    五、組蛋白修飾概述
    六、蛋白質翻譯后修飾
    七、植物病害發生與ceRNA變化
  第四節  研究意義
第二章  泡桐叢枝病發生模擬系統的建立
  第一節  不同處理條件下泡桐幼苗形態和叢枝植原體含量變化
    一、不同處理條件下泡桐幼苗形態變化
    二、不同處理條件下泡桐幼苗叢枝植原體含量變化
  第二節  泡桐叢枝病發生模擬系統的研究
    一、叢枝病幼苗形態與植原體含量變化的關係
    二、泡桐叢枝病發生模擬系統的建立
第三章  叢枝病發生與白花泡桐染色質三維結構變化的關係
  第一節  植原體入侵與白花泡桐染色質三維結構變化的研究
    一、Hi-C數據處理與分析
    二、白花泡桐全基因組染色質相互作用的高解析度3D圖譜
    三、叢枝植原體入侵后白花泡桐染色質三維結構的差異
    四、染色質三維結構中A/B區室的鑒定及轉換
    五、拓撲相關結構域（TAD）的鑒定
    六、染色質環的鑒定及變化
    七、白花泡桐染色質三維結構模型的構建
  第二節  植原體對白花泡桐染色質結構和基因表達變化的影響
    一、植原體入侵白花泡桐后染色質結構變化與基因表達的關係
    二、聯合分析受染色質結構、組蛋白修飾和轉錄調控變化影響的基因
第四章  叢枝病發生與泡桐m6A的變化關係
  第一節  白花泡桐m6A測序數據分析
    一、m6A測序數據統計分析
    二、叢枝病苗m6A圖譜構建及m6A peak分析
    三、m6A基序的鑒定
    四、叢枝植原體對白花泡桐基因表達的影響
    五、MeRIP-qRT-PCR驗證
    六、m6A修飾影響選擇性剪接
  第二節  叢枝病發生對m6A甲基化修飾基因的影響
    一、m6A測序與轉錄組測序的關聯分析
    二、叢枝病發生特異相關的甲基化修飾基因分析
    三、STM、CLV2維持莖端分生組織的穩定性受m6A修飾的調控
第五章  叢枝病發生與泡桐染色質可及性的變化關係

  第一節  ATAC-Seq測序數據分析
    一、ATAC-Seq測序數據統計和質量評估
    二、ATAC-seq的peak分析
    三、樣本間的開放性差異分析
  第二節  植原體侵入導致的泡桐染色質開放性差異調控區關聯轉錄因子分析
    一、植原體感染導致的差異調控區分析
    二、泡桐叢枝病的發生受多種轉錄因子調控
第六章  叢枝病發生與DNA甲基化的變化關係
  第一節  不同試劑處理對白花泡桐叢枝病幼苗DNA甲基化的影響
    一、MMS處理對白花泡桐叢枝病幼苗DNA甲基化的影響
    二、利福平處理對白花泡桐叢枝病幼苗DNA甲基化的影響
  第二節  叢枝病發生與基因表達的變化關係
    一、MMS處理對白花泡桐叢枝病幼苗基因表達的影響
    二、利福平處理對白花泡桐叢枝病幼苗基因表達分析
    三、WGCNA共表達分析
    四、與叢枝病相關基因的篩選
  第三節  叢枝病發生與DNA甲基化基因表達變化的關係
    一、DNA甲基化對基因表達的影響
    二、DNA甲基化差異基因的功能分析
    三、基於轉錄組和DNA甲基化組的叢枝病相關基因的篩選
    四、qRT-PCR驗證
    五、BS-PCR驗證
第七章  叢枝病發生與組蛋白修飾變化的關係
  第一節  叢枝病發生與組蛋白甲基化的關係
    一、植原體入侵對白花泡桐形態和組蛋白甲基化修飾的影響
    二、ChIP-Seq數據處理與比對統計
    三、組蛋白甲基化修飾的全基因組分佈模式
    四、叢枝病發生和恢復過程中組蛋白甲基化修飾水平的動態變化
    五、叢枝病發生和恢復過程中基因表達水平的動態變化
    六、組蛋白甲基化修飾對基因表達的影響
  第二節  叢枝病發生與組蛋白乙?化的關係
    一、植原體入侵對白花泡桐組蛋白乙?化修飾的影響
    二、ChIP-Seq數據處理與比對統計
    三、組蛋白乙?化修飾的全基因組分佈模式
    四、叢枝病發生和恢復過程中組蛋白乙?化修飾水平的動態變化
    五、組蛋白乙?化修飾對基因表達的影響
  第三節  叢枝病發生與組蛋白甲基化和乙?化修飾?的變化分析
    一、PfHM基因家族的鑒定
    二、PfHM基因在染色體上的分佈
    三、PfHM基因家族系統進化和保守結構域分析
    四、PfHM基因在其他物種中的同源基因分析
    五、PfHM基因響應植原體入侵的表達模式
第八章  叢枝病發生的蛋白質組學研究
  第一節  泡桐叢枝病發生與定量蛋白質組測序
    一、定量蛋白質組學基本信息
    二、蛋白質功能分析
  第二節  泡桐叢枝病發生相關蛋白質的篩選
    一、轉錄組與蛋白質組關聯分析
    二、非編碼RNA與蛋白質組關聯分析
    三、響應植原體入侵的差異蛋白質鑒定

第九章  叢枝病發生的非組蛋白修飾變化研究
  第一節  白花泡桐叢枝病發生與磷酸化
    一、磷酸化位點、?段及蛋白質的鑒定
    二、泡桐磷酸化蛋白功能分析
    三、磷酸化位點motif分析及序列二級結構分析
    四、保守磷酸化蛋白鑒定
    五、蛋白激?預測
    六、差異磷酸化蛋白及磷酸化位點鑒定
    七、叢枝病發生相關磷酸化蛋白鑒定
  第二節  泡桐叢枝病發生與乙?化
    一、泡桐總蛋白乙?化Western blot檢測
    二、乙?化位點、?段及蛋白質的鑒定
    三、泡桐乙?化蛋白功能分析
    四、乙?化位點motif及序列二級結構分析
    五、保守乙?化蛋白鑒定
    六、響應叢枝植原體侵染的差異乙?化蛋白鑒定
  第三節  泡桐叢枝病發生與巴豆?化
    一、總蛋白巴豆?化Western blot檢測
    二、巴豆?化位點、?段及蛋白質的鑒定
    三、巴豆?化蛋白功能分類、motif及二級結構分析
    四、保守巴豆?化蛋白的鑒定
    五、差異巴豆?化修飾蛋白的鑒定
    六、蛋白磷酸化、乙?化和巴豆?化修飾相互作用
第十章  叢枝病發生與泡桐ceRNA變化關係
  第一節  叢枝病發生與ceRNA表達譜分析
    一、白花泡桐轉錄本表達譜
    二、泡桐miRNA表達譜
    三、白花泡桐lncRNA表達譜
    四、白花泡桐circRNA表達譜
  第二節  叢枝病發生特異相關ceRNA研究
    一、叢枝病發生特異相關RNA的鑒定
    二、白花泡桐叢枝病發生特異相關ceRNA網路的構建及分析
    三、白花泡桐叢枝病發生特異相關ceRNA的qRT-PCR驗證
    四、miR156f及其靶基因PfSPL3的功能驗證
  第三節  叢枝病發生與特異相關miR156f的分子功能分析
    一、miR156f與PfSPL3的關係
    二、miR156f的模擬靶標
    三、叢枝病發生特異相關miR156f靶基因SPL3互作蛋白
    四、PfSPL3調控基因預測
參考文獻

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