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基因組信息學實踐教程

作者：編者:張高川|責編:趙曉嬿
出版社：蘇州大學
ISBN：9787567238664

出版日期：2022/09/01
裝幀：平裝
頁數：385

人民幣：RMB 75 元售價：元

內容大鋼

本教程的所有實踐內容主要圍繞基因組測序分析來設計。實踐項目的主要內容包括基因組測序模擬、序列組裝、全基因組的同源搜索、從頭預測基因及結構建模、基於轉錄組測序數據的基因組註釋、啟動子等基因組序列特徵的分析和預測、基因組數據的可視化、多種基因組序列分析軟體的對比和綜合運用等。這些實踐內容不僅涉及基因組信息學方面常用資料庫的檢索，還包含常用軟體的使用以及編程和數據統計方法的綜合運用。
本教程主要適用於生物信息學專業本科學生的基因組信息學方面的實踐教學。這些實踐項目的開展，需要學生具備一定的生物信息學方面的基礎理論知識和操作技能、電腦基礎、Python編程與基於R語言的統計分析能力。本教程所涉及的分析軟體大多適用於UNIX∕Linux系統，故而還需要熟悉此類操作系統環境，同時安裝好實踐項目中所需要的各種專業軟體。這些軟體的快速安裝方法見緒論第四部分「操作環境」，其使用方法見「常用軟體使用手冊」部分。此外，由於實踐內容涉及高通量計算，故而還需一台高性能的計算設備。考慮到不同軟體對計算性能的需求和實踐教學的目的，對於實踐內容所涉及的目標物種基因組，建議根據自身所配備的電腦設備進行選擇。本教程基於一個註釋信息完善的小規模基因組，提供基礎實踐演示案例。

作者介紹

編者:張高川|責編:趙曉嬿

緒論
第一篇基礎實踐
  項目1 基因組測序模擬
  項目2 序列組裝
  項目3 基因組註釋之同源基因搜索
  項目4 基因組註釋之從頭預測與基因結構建模
  項目5 基因組註釋之DNA元件預測
  項目6 基因組數據可視化
第二篇擴展實踐
  項目1 高通量測序平台及模擬工具的對比
  項目2 基因組序列組裝軟體的對比
  項目3 RNA-Seq數據從頭組裝軟體的對比
  項目4 從頭計算預測基因軟體的比較
  項目5 基於轉錄組數據的新基因和轉錄變異體的發現
  項目6 基因轉錄調控分析
  項目7 基因組測序可視化工具的對比
第三篇綜合實踐
  項目1 基因組測序模擬的編程實現
  項目2 同源基因搜索指導的基因結構預測
  項目3 基於RNA-Seq數據的基因組註釋
  項目4 基於多重數據源的基因結構特徵訓練和應用
  項目5 基因結構特徵模型參數的編程實踐
  項目6 多重證據聯合的基因結構建模
  項目7 轉錄因子調控機制分析
  其他綜合實踐設想
第四篇常用軟體使用手冊
  1.ART
  2.Augustus
  3.BamTools
  4.BCFtools
  5.bedtools
  6.Bowtie2
  7.FastQC
  8.GFF格式處理工具
  9.NCBI BLAST
  10.NCBI SRA Toolkit
  11.QUAST
  12.Samtools
  13.SOAPdenovo
  14.Trimmomatic
  15.Trinity
  16.文件格式轉換工具
附錄
  附錄1 基因組坐標體系
  附錄2 常用數據格式

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