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水產生物信息學(科學出版社十三五普通高等教育本科規劃教材)/水產科學系列叢書

  • 作者：編者:湛垚垚//邵長偉|責編:王玉時
  • 出版社：科學
  • ISBN：9787030690647
  • 出版日期：2021/06/01
  • 裝幀：平裝
  • 頁數：287
人民幣：RMB 59.8 元      售價：元
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內容大鋼
    本教材系統地介紹了水產生物信息學的發展歷史、基本原理、研究方法和前沿進展。全書共十三章，內容包括水產生物信息學概述和基礎、生物信息資料庫、序列分析與比較、蛋白質結構與功能預測、基因組測序與組裝、基因組結構和功能註釋、系統發育與基因組快速進化、水產轉錄組學及其研究進展、水產生物基因組研究進展、水產生物非編碼RNA及其研究進展、水產生物表觀遺傳學及其研究進展和生物信息分析環境介紹及搭建等。
    本教材適合水產學、生物學相關專業本科生使用，亦可供水產學相關專業研究生、來華留學生及水產相關行業從業人員參考。
作者介紹
編者:湛垚垚//邵長偉|責編:王玉時
目錄
前言
第一章  水產生物信息學概述
  第一節  生物信息學概述
    一、生物信息學
    二、生物信息學的主要研究內容
    三、分子生物學的典型應用軟體
  第二節  生物信息學的發展簡史
  第三節  水產生物信息學的應用與發展前景
    一、生物信息學技術在水產領域的應用
    二、水產生物信息學的發展前景
第二章  水產生物學基礎
  第一節  生物大分子
    一、生物大分子的結構
    二、DNA和RNA
    三、蛋白質
  第二節  中心法則
    一、DNA的複製
    二、轉錄
    三、翻譯
    四、中心法則的修正、補充和發展
    五、基因表達調控
  第三節  基因組、轉錄組、蛋白質組和表觀組
    一、基因組
    二、轉錄組
    三、蛋白質組
    四、表觀組
第三章  生物信息資料庫
  第一節  資料庫概述
    一、資料庫簡介
    二、資料庫結構
  第二節  常用生物信息資料庫的檢索方式
    一、Entrez
    二、SRS
  第三節  水產生物信息資料庫
    一、生物信息資料庫
    二、常用水產生物信息資料庫
    三、蛋白質資料庫
    四、功能資料庫
第四章  序列分析與比較
  第一節  序列分析
    一、核酸序列分析
    二、蛋白質序列分析
  第二節  序列比對概述
  第三節  序列兩兩比對
    一、序列兩兩比對的演算法
    二、序列兩兩比對的工具
    三、序列兩兩比對分析實例
  第四節  多序列比對
    一、多序列比對演算法
    二、多序列比對軟體

    三、多序列比對分析實例
第五章  蛋白質結構與功能預測
  第一節  蛋白質結構的不同層次
  第二節  蛋白質一級結構及其獲得方法
  第三節  蛋白質二級結構分析
    一、蛋白質二級結構的預測方法
    二、預測水產生物蛋白質二級結構
  第四節  結構域分析
    一、蛋白質結構域的預測方法
    二、水產生物蛋白質結構域的分析
  第五節  蛋白質三級結構分析
    一、蛋白質三級結構的解析方法
    二、水產生物蛋白質三級結構的分析
第六章  基因組測序與組裝
  第一節  基因組測序原理與方法
    一、基因組測序的發展歷程
    二、基因組測序的原理
    三、基因組測序流程
  第二節  基因組組裝原理與方法及基因組組裝評估
    一、基因組組裝原理
    二、基因組組裝方法
    三、基因組組裝評估
  第三節  水產生物基因組組裝技術與特徵
    一、水產生物基因組組裝策略
    二、水產生物基因組組裝特徵
第七章  基因組結構和功能註釋
  第一節  引言
  第二節  重複序列識別
    一、重複序列的概念
    二、重複序列的分類
    三、重複序列識別的方法
    四、軟體的操作
  第三節  基因組註釋
    一、基因註釋的策略
    二、基因組註釋流程
    三、從頭預測
    四、基於轉錄組數據的基因預測
  第四節  基因功能註釋
    一、主流資料庫
    二、比對軟體
  第五節  基因家族聚類分析
    一、基因家族的概念
    二、基因家族聚類分析前數據處理和準備
    三、基因家族聚類的幾種軟體
第八章  系統發育與基因組快速進化
  第一節  分子進化與系統發育的理論基礎
    一、分子進化的理論基礎
    二、分子系統發育分析
  第二節  系統進化樹的構建
    一、PHYLIP

    二、MrBayes
    三、PAUP*
    四、RAxML
    五、PhyML
    六、TREE-PUZZLE
    七、IQ-TREE
    八、MEGA
  第三節  水產動物的系統發育與基因組快速進化
    一、水產物種鑒定
    二、水產生物的分子進化分析
    三、正選擇和快速進化
第九章  水產轉錄組學及其研究進展
  第一節  轉錄組測序技術概況
    一、轉錄組的基本概念
    二、轉錄組研究技術的發展
  第二節  轉錄組分析流程
    一、RNA-seq試驗設計
    二、RNA-seq文庫製備
    三、測序數據存儲格式
    四、測序數據質量控制
    五、轉錄組拼接
    六、差異表達分析
    七、富集分析
第十章  水產生物基因組研究進展
  第一節  水產生物基因組研究概述
    一、水產生物基因組研究主要進展
    二、水產生物基因組的特徵
  第二節  典型水產生物基因組研究
    一、魚類基因組
    二、蝦蟹類基因組
    三、貝類基因組
    四、藻類基因組
    五、棘皮動物基因組
第十一章  水產生物非編碼RNA及其研究進展
  第一節  非編碼RNA
  第二節  microRNA測序及分析方法
    一、miRNA的形成與分子機制
    二、miRNA的調控機制
    三、miRNA測序
  第三節  lncRNA測序及分析方法
    一、lncRNA的分類
    二、lncRNA的特性
    三、lncRNA測序
  第四節  circRNA測序及分析方法
    一、circRNA的生物合成
    二、circRNA的特性
    三、circRNA的分類
    四、circRNA的主要功能
    五、circRNA測序
第十二章  水產生物表觀遺傳學及其研究進展

  第一節  表觀遺傳學的內涵和研究內容
  第二節  表觀遺傳研究技術手段
    一、DNA甲基化
    二、組蛋白修飾
    三、非編碼RNA
    四、染色質重塑
    五、RNA甲基化
  第三節  表觀遺傳在水產動物中的應用
    一、表觀遺傳在性別決定和分化中的研究
    二、表觀遺傳在抗病抗逆方面的研究
    三、表觀遺傳在生長發育方面的研究
第十三章  生物信息分析環境介紹及搭建
  第一節  Linux系統概述
    一、用於生物信息分析的電腦操作系統簡介
    二、從Unix到Linux
    三、Linux發行版本
  第二節  建立和運行Linux系統工作環境
    一、安裝Linux系統和虛擬機
    二、Linux系統的基本使用
    三、登錄遠程電腦
  第三節  基於Linux的常用生物信息分析軟體
    一、常用序列處理工具
    二、本地BLAST

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