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基因組大數據分析(高等學校數據科學與大數據技術專業系列教材)

  • 作者：編者:袁細國|責編:武偉嬋//雷鴻俊
  • 出版社：西安電子科大
  • ISBN：9787560658605
  • 出版日期：2020/08/01
  • 裝幀：平裝
  • 頁數：128
人民幣：RMB 24 元      售價：元
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內容大鋼
    本書主要介紹基因組大數據分析與處理的相關技術。書中循序漸進地介紹了相關生物信息學軟體的下載和安裝方式，提供了真實數據和模擬數據的獲取或生成方式；針對拷貝數變異、單位點變異、結構變異以及微生物物種鑒定等問題，全面介紹了相關處理過程及基本原理，並結合典型演算法說明了數據處理的基本流程。
    本書最大的特色在於提供了豐富的演算法實例，每一個實例都是經過精心挑選的，具有很強的針對性，力求使讀者盡可能快地掌握基因組大數據分析與處理的全過程。
    本書適合作為電腦和大數據類相關專業高年級本科生與研究生的教材，對從事計算生物學研究的技術人員也有很好的參考價值。
作者介紹
編者:袁細國|責編:武偉嬋//雷鴻俊
目錄
第一章  基因組大數據概述
  1.1  基因組大數據相關概念及發展歷史簡介
  1.2  基因組大數據介紹
  1.3  測序技術的發展
    1.3.1  第一代測序技術
    1.3.2  第二代測序技術
    1.3.3  第三代測序技術
  1.4  基因數據格式
    1.4.1  FASTA
    1.4.2  FASTQ
  本章習題
第二章  生物信息數據的處理
  2.1  真實數據與模擬數據
    2.1.1  人類基因組參考序列
    2.1.2  真實數據的獲取
    2.1.3  模擬數據
  2.2  處理測序數據的基本工具
    2.2.1  FastQC
    2.2.2  Trimmomatic
    2.2.3  BWA
    2.2.4  Samtools
  2.3  數據處理實例演示
    2.3.1  數據處理實例流程
    2.3.2  數據處理過程中產生的文件格式
  本章習題
第三章  拷貝數變異(CNV)檢測的基本原理與方法
  3.1  CNV相關概念
  3.2  CNV檢測分類
  3.3  CNV檢測基本原理
    3.3.1  配對末端圖譜法
    3.3.2  分裂讀段法
    3.3.3  讀段深度法
    3.3.4  從頭組裝法
  3.4  CNV實驗模擬
    3.4.1  典型的模擬方法
    3.4.2  模擬實驗與具體操作步驟
  本章習題
第四章  單位點變異檢測
  4.1  單位點變異的基本概念
  4.2  單位點變異的分類
    4.2.1  單核?酸多態性
    4.2.2  單核?酸變異
    4.2.3  SNP和SNV的區別
    4.2.4  SNV研究的現狀
    4.2.5  SNV研究的意義
  4.3  經典SNV檢測方法簡介
    4.3.1  STIC基本介紹
    4.3.2  SomaticSniper基本介紹
  4.4  SNV實驗模擬
    4.4.1  數據模擬介紹

    4.4.2  模擬實驗與具體操作步驟
  4.5  體細胞SNV檢測實例演示
    4.5.1  Pileup文件簡介
    4.5.2  SNV和CNV檢測
    4.5.3  體細胞SNV檢測
  本章習題
第五章  結構變異檢測
  5.1  結構變異的基本概念
  5.2  結構變異的分類
    5.2.1  缺失變異
    5.2.2  插入變異
    5.2.3  易位變異
    5.2.4  倒轉變異
    5.2.5  倒轉重複變異
    5.2.6  散列重複變異
    5.2.7  串聯重複變異
  5.3  結構變異檢測方法
    5.3.1  結構變異檢測方法介紹
    5.3.2  結構變異檢測工具
  5.4  結構變異模擬實驗與具體操作步驟
  本章習題
第六章  微生物物種鑒定的基本原理與方法
  6.1  微生物簡介
    6.1.1  常用資料庫
    6.1.2  微生物組學研究的意義
    6.1.3  微生物組學面臨的挑戰
  6.2  微生物數據預處理與分析
    6.2.1  微生物的可變區
    6.2.2  比對狀態與gap信號
    6.2.3  鹼基測序錯誤量化
  6.3  物種檢測流程與方法
    6.3.1  檢測流程
    6.3.2  模擬樣本設計
    6.3.3  常用工具
    6.3.4  性能評估
  6.4  微生物物種鑒定實例演示
    6.4.1  模擬樣本的設計
    6.4.2  應用Mothur實現物種成分檢測
  本章習題
參考文獻

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