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生物信息學與功能基因組學(原著第3版)(精)

  • 作者：(美)喬納森·佩夫斯納|責編:邵桂林|譯者:田衛東//趙興明
  • 出版社：化學工業
  • ISBN：9787122344106
  • 出版日期：2020/01/01
  • 裝幀：精裝
  • 頁數：922
人民幣：RMB 298 元      售價：元
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內容大鋼
    《生物信息學與功能基因組學》先前的版本受到了廣泛的歡迎，它為這一爆炸性的新學科提供了最廣泛的介紹。本書已經進行了徹底的更新和擴展，它仍然是學生、教師和希望對生物信息學和基因組學的跨學科領域有所了解的專業人士的「首選」資源。
    在這個快速發展的領域中，採用了最新的方法和概念，本書的更新包括：
    對內容大規模的修訂和重新組織，以方便教學和學習；
    增加了介紹下一代測序的新章節；
    提供了一個擴展的相關網站，由作者維護，提供完整的生物信息學教學課程，並經常對信息進行更新；
    更加強調計算方法，對軟體工具如何工作以及命令行工具如何使用有清晰明確的指導，例如用於下一代序列分析軟體，R編程語言和NCBI搜索工具。
    本書還輔以豐富的插圖和500多個圖片和表格，其中許多是為本書新創建的，使得更加清晰和容易理解。每章都包含學習目標和知識框，說明關鍵技術以及相關數學和統計學的原理、觀點和需要注意的部分、討論問題、電腦問題、多項選擇測驗、推薦閱讀材料和可免費獲得的軟體列表。教師可以訪問本書的配套網站，以獲取補充信息，例如每章末尾的問題答案以及書中的所有圖表，以供教學使用。本書作者還創建了一個網站，為學生和教師提供了大量的相關資源。
    本書是一部優秀的單本教材，適用於生物科學和電腦科學領域的本科生和研究生入門課程。對於使用生物信息學和基因組學工具研究特定問題的生物學家、開發電腦演算法和資料庫的生物信息學家和電腦科學家以及想要了解病毒、細菌、寄生蟲或其他疾病基因組基礎的醫學研究人員和臨床醫生而言，本書也是不可或缺的資源。
作者介紹
(美)喬納森·佩夫斯納|責編:邵桂林|譯者:田衛東//趙興明
目錄
第1部分  DNA、RNA和蛋白質序列的分析
  第1章  引言
    1.1  本書的組織架構
    1.2  生物信息學：全景
    1.3  各章節的組織架構
    1.4  對學生和教師的建議：練習，尋找一個基因，研究一個基因組
    1.5  生物信息學軟體：兩種風格
    1.6  生物信息學和其他信息學學科
    1.7  對學生的建議
  第2章  序列數據的獲取和相關信息
    2.1  生物資料庫的入門介紹
    2.2  集中存儲DNA序列的資料庫
    2.3  DNA、RNA和蛋白質資料庫
    2.4  信息的獲取：用於標記和鑒別序列的索引編號
    2.5  利用NCBI的基因資源進行基因信息的獲取
    2.6  使用命令行進行NCBI數據的獲取
    2.7  信息的獲取：基因組瀏覽器
    2.8  如何獲取序列數據的例子：單個基因/蛋白質
    2.9  生物醫學文獻的獲取
    2.10  展望
    2.11  常見問題
    2.12  給學生的建議
    2.13  網路資源
  第3章  雙序列比對
    3.1  引言
    3.2  打分矩陣
    3.3  在雙序列比對中，PAM矩陣的實用性
    3.4  比對演算法：全局和局部
    3.5  雙序列比對的統計顯著性
    3.6  展望
    3.7  常見問題
    3.8  給學生的建議
    3.9  網路資源
  第4章  局部比對搜索基本工具BLAST
    4.1  引言
    4.2  BLAST搜索步驟
    4.3  BLAST演算法使用局部比對搜索的策略
    4.4  BLAST的搜索策略
    4.5  使用BLAST預測基因：找到新基因
    4.6  展望
    4.7  常見問題
    4.8  對學生的建議
    4.9  網路資源
  第5章  高級資料庫搜索
    5.1  引言
    5.2  特殊BLAST的網站
    5.3  尋找遠緣相關蛋白質：位置特異性迭代BLAST（PSI-BLAST）和DELTA-BLAST
    5.4  譜搜索：隱馬爾可夫模型
    5.5  用類似於BLAST的比對工具快速搜索基因組DNA
    5.6  將二代測序讀段與參考基因組比對

    5.7  展望
    5.8  常見問題
    5.9  給學生的建議
    5.10  網路資源
  第6章  多重序列比對
    6.1  引言
    6.2  五種主要的多重序列比對方法
    6.3  用標準數據集進行研究：方法，發現和挑戰
    6.4  多重序列比對的資料庫
    6.5  基因組區域的多重序列比對
    6.6  展望
    6.7  常見問題
    6.8  給學生的建議
  第7章  分子水平的系統發育和進化
    7.1  分子進化介紹
    7.2  分子系統發育與進化的法則
    7.3  分子系統發育：樹的特徵
    7.4  樹的類型
    7.5  系統發育分析的五個步驟
    7.6  展望
    7.7  常見問題
    7.8  給學生的建議
    7.9  網路資源
第2部分  DNA、RNA和蛋白質在全基因組層次上的分析
  第8章  DNA：真核染色體
    8.1  引言
    8.2  真核生物基因組和染色體的一般特徵
    8.3  真核生物染色體的DNA重複片段
    8.4  真核生物染色體的基因含量
    8.5  真核生物基因組的調控區域
    8.6  真核生物DNA的比較
    8.7  染色體DNA的變化
    8.8  測定染色體變化的技術
    8.9  展望
    8.10  常見問題
    8.11  給學生的建議
    8.12  網路資源
  第9章  二代測序數據的分析
    9.1  引言
    9.2  DNA測序技術
    9.3  二代測序的基因組DNA的分析
    9.4  二代測序的特定應用
    9.5  展望
    9.6  常見問題
    9.7  給學生的建議
    9.8  網路資源
  第10章  處理核糖核酸（RNA）的生物信息學工具
    10.1  引言
    10.2  非編碼RNA
    10.3  信使RNA介紹

    10.4  微陣列和RNA-seq：全基因組層面的基因表達量測定
    10.5  RNA分析的解讀
    10.6  展望
    10.7  常見問題
    10.8  給學生的建議
    10.9  網路資源
  第11章  基因表達：晶元和RNA-seq數據分析
    11.1  引言
    11.2  晶元分析方法1：NCBI的GEO2R工具
    11.3  晶元分析方法2：Partek軟體
    11.4  晶元分析方法3：利用R分析GEO資料庫
    11.5  晶元數據分析：描述性統計學方法
    11.6  RNA-seq
    11.7  晶元數據的功能註釋
    11.8  展望
    11.9  常見問題
    11.10  對學生的建議
    11.11  推薦讀物
  第12章  蛋白質分析和蛋白質組學
    12.1  引言
    12.2  蛋白質鑒定技術
    12.3  蛋白質的四個方面
    12.4  展望
    12.5  常見問題
    12.6  給學生的建議
    12.7  網路資源
  第13章  蛋白質結構
    13.1  蛋白質結構總結
    13.2  蛋白質結構原理
    13.3  PDB資料庫（Protein Data Bank）
    13.4  蛋白質結構預測
    13.5  固有無序蛋白質（INTRINSICALLY DISORDERED PROTEINS）
    13.6  蛋白質結構與疾病
    13.7  展望
    13.8  常見問題
    13.9  給學生的建議
    13.10  推薦讀物
  第14章  功能基因組學
    14.1  功能基因組學介紹
    14.2  用於功能基因組學研究的八種模式生物
    14.3  使用反向和正向遺傳學的功能基因組學
    14.4  功能基因組和中心法則
    14.5  用蛋白質組學的方法研究功能基因組學
    14.6  展望
    14.7  常見問題
    14.8  給學生的建議
    14.9  推薦讀物
第3部分  基因組分析
  第15章  生命樹上的基因組
    15.1  引言

    15.2  優秀的互聯網資源
    15.3  基因組測序計劃：年表
    15.4  基因組分析計劃：介紹
    15.5  基因組分析項目：測序
    15.6  基因組分析計劃：組裝
    15.7  基因組分析計劃：註釋
    15.8  展望
    15.9  常見問題
    15.10  給學生的建議
    15.11  推薦讀物
  第16章  已完成測序的基因組：病毒基因組
    16.1  引言
    16.2  病毒的分類
    16.3  解決病毒學問題的生物信息學方法
    16.4  人類免疫缺陷病毒（HIV）
    16.5  流感病毒
    16.6  麻疹病毒
    16.7  埃博拉病毒
    16.8  皰疹病毒：從生殖細胞到基因表達
    16.9  巨病毒
    16.10  展望
    16.11  常見問題
    16.12  給學生的建議
    16.13  網路資源
  第17章  已完成測序的基因組：細菌和古細菌
    17.1  引言
    17.2  細菌和古細菌的分類
    17.3  人類微生物組
    17.4  細菌和古細菌的基因組分析
    17.5  細菌基因組比較
    17.6  展望
    17.7  常見問題
    17.8  給學生的建議
    17.9  網路資源
  第18章  真核生物基因組：真菌
    18.1  引言
    18.2  真菌的描述和分類
    18.3  對釀酒酵母（Saccharomyces cerevisiae ）的介紹
    18.4  釀酒酵母的基因倍增和基因組倍增
    18.5  半子囊菌類的比較分析
    18.6  真菌基因組分析
    18.7  展望
    18.8  常見問題
    18.9  給學生的建議
    18.10  網路資源
  第19章  真核基因組：從寄生生物到靈長類
    19.1  引言
    19.2  位於樹底層的原生動物缺乏線粒體
    19.3  單細胞病原體的基因組：錐蟲和利什曼原蟲
    19.4  囊泡藻類（Chromalveolates）

    19.5  植物基因組
    19.6  後生動物底層附近的黏菌與子實體
    19.7  後生動物
    19.8  展望
    19.9  常見問題
    19.10  給學生的建議
    19.11  網路資源
  第20章  人類基因組
    20.1  引言
    20.2  人類基因組計劃的主要結論
    20.3  獲得人類基因組數據的門戶網站
    20.4  人類基因組計劃
    20.52  5條人類染色體
    20.6  人類基因組變異
    20.7  展望
    20.8  常見問題
    20.9  給學生的建議
    20.10  推薦讀物
  第21章  人類疾病
    21.1  人類遺傳疾病：DNA變異的結果
    21.2  疾病的種類
    21.3  疾病資料庫
    21.4  鑒定疾病相關基因及其位點的方法
    21.5  模式生物中的人類疾病基因
    21.6  疾病基因的功能分類
    21.7  展望
    21.8  常見問題
    21.9  給學生的建議
    21.10  推薦讀物
附錄
  1.辭彙表
  2.自我檢測題答案

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