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RNA摺疊結構預測演算法與計算複雜性

  • 作者：劉振棟
  • 出版社：科學
  • ISBN：9787030621443
  • 出版日期：2019/10/01
  • 裝幀：平裝
  • 頁數：109
人民幣：RMB 68 元      售價：元
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內容大鋼
    本書介紹了RNA結構特徵、假結表示模型和最小自由能量原理等內容。重點介紹了包含假結的RNA摺疊結構預測啟髮式演算法、限制性RNA結構預測問題的精確演算法、多項式時間近似方案、近似演算法等問題。分析其時間複雜度和空間複雜度，比較其特異性和敏感性。針對NP難問題，設計了預測包含假結的1+ε（ε>0）多項式時間近似方案，分析了包含假結的RNA摺疊結構，剖析連續堆疊和假結的結構特性，提出求解最大堆疊數的近似演算法。針對RNA摺疊結構盆跳圖的結構和性質進行解析，對幾種類型加以分析、分類，並對類型之間的轉換進行闡述。最後對RNA摺疊結構的應用加以簡單的介紹。
    本書可作為生物信息學或計算生物學專業高等院校本科生及研究生參考用書，也可作為相關領域學者及興趣愛好者的參考用書。
作者介紹
劉振棟
目錄
前言
第1章  緒論
  1.1  背景
  1.2  國內外研究現狀
  1.3  演算法與複雜性
  1.4  P類、NP類及NPC類問題
  1.5  NP難問題及其近似演算法
  1.6  多項式時間近似方案
  1.7  NPC命題的證明
  1.8  本書主要工作
  參考文獻
第2章  RNA摺疊結構與能量模型
  2.1  RNA結構與鹼基序列
  2.2  RNA結構介紹
    2.2.1  RNA二級結構
    2.2.2  RNA三級結構
  2.3  RNA二級結構預測方法
    2.3.1  序列對比方法
    2.3.2  親緣分析法
    2.3.3  熱動力學最小自由能量方法
  2.4  假結結構
  2.5  自由能量模型
    2.5.1  自由能量參數
    2.5.2  最鄰近鄰居模型
  參考文獻
第3章  典型的RNA結構預測演算法簡介
  3.1  引言
    3.1.1  研究目標
    3.1.2  擬解決的有關科學問題
  3.2  MFOLD演算法
  3.3  最大基對數演算法
  3.4  包含假結的RNA摺疊結構預測
  3.5  Rivas演算法與JR演算法
    3.5.1  Rivas演算法
    3.5.2  JR演算法
  3.6  Lyngso演算法
  3.7  優化組合演算法
  3.8  Abrahams演算法
  參考文獻
第4章  包含假結的RNA摺疊結構預測啟髮式演算法
  4.1  引言
  4.2  RNA摺疊結構分析
  4.3  計算最大堆疊的RNA二級結構預測演算法
    4.3.1  演算法設計
    4.3.2  演算法思想
    4.3.3  演算法分析
    4.3.4  實驗結果
    4.3.5  實驗對比分析
    4.3.6  結論
  4.4  啟髮式演算法設計

  4.5  演算法複雜性分析
  4.6  實驗結果
  參考文獻
第5章  計算最大堆疊數的多項式時間近似方案
  5.1  引言
  5.2  RNA摺疊結構中最大堆疊數問題的複雜性
  5.3  計算最大堆疊數演算法
  5.4  基於莖區的計算最大堆疊數問題近似方案
  參考文獻
第6章  帶假結的RNA摺疊結構預測近似演算法
  6.1  引言
  6.2  平面RNA二級結構的近似演算法
  6.3  一般RNA二級結構的近似演算法
  6.4  平面RNA結構中的NP完全性
    6.4.1  RNA摺疊結構序列構建
    6.4.2  If-part的正確性
    6.4.3  Only-ifpart的正確性
  參考文獻
第7章  基於BHG的RNA摺疊結構預測演算法
  7.1  基本概念
  7.2  基於BHG的RNA摺疊結構預測方案
  參考文獻
第8章  RNA摺疊結構與基因編輯技術
  8.1  簡介
  8.2  技術原理
    8.2.1  基因編輯是DNA斷裂及修復機制的技術
    8.2.2  重組核酸?介導技術
  8.3  技術應用
    8.3.1  國際基因編輯技術進展
    8.3.2  我國基因編輯技術進展
  參考文獻
第9章  總結與展望
  9.1  總結
  9.2  展望
基本術語表

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