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生物信息學--基礎及應用

  • 作者：編者:王舉//王兆月//田心
  • 出版社：清華大學
  • ISBN：9787302365532
  • 出版日期：2014/12/01
  • 裝幀：平裝
  • 頁數：182
人民幣：RMB 39 元      售價：元
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內容大鋼
    王舉、王兆月、田心等編著的這本《生物信息學--基礎及應用》簡要介紹生物信息學的發展歷史、主要研究領域及應用前景，並重點講述生物信息學的基本知識點和基本技術、方法，生物分子信息資料庫的類型及應用，複雜疾病的生物信息學研究思路、方法和典型應用實例。每個知識單元均包括生物信息學基礎知識點、應用生物信息學的基本方法、資料庫和電腦軟體，並通過生物信息學的典型應用案例培養學生分析問題、解決問題的能力。
    本書共分8章。第1章為緒論，主要介紹生物信息學發展的歷史、當前主要的研究方向及應用，尤其是在醫學研究中的應用前景。第2章介紹常用的生物信息學資料庫以及相應的數據檢索方法，重點講述核酸序列資料庫、蛋白質序列資料庫和蛋白質結構資料庫以及典型資料庫的格式和使用方法。第3章介紹核酸和蛋白質序列的比對方法及應用，著重講述雙序列比對的原理和常用工具。第4章和第5章分別介紹核酸序列分析和基因組註釋的主要內容、方法及工具。第6章和第7章則分別介紹從蛋白質序列分析其基本理化性質、結構和功能的方法及其在研究中的應用。第8章介紹生物信息學在人類複雜疾病的分子機理研究中的作用、主要方法和工具。
    本書是面向醫學和生物學背景的本科生的生物信息學教材，也可供相關專業科研人員參考。
作者介紹
編者:王舉//王兆月//田心
目錄
第1章  緒論
  1.1  生物信息學的產生與發展
  1.2  生物信息學的研究目的與研究內容
    1.2.1  生物信息學研究目的
    1.2.2  生物信息學研究內容
  1.3  生物信息學在醫學中的應用
    1.3.1  鑒定單基因疾病的關鍵致病基因
    1.3.2  研究人類複雜疾病的發生機理
第2章  分子生物學資料庫
  2.1  概述
  2.2  核酸序列資料庫
    2.2.1  GenBank資料庫
    2.2.2  歐洲核酸檔案
  2.3  蛋白質序列資料庫
    2.3.1  PIR資料庫
    2.3.2  Swiss-Prot資料庫
    2.3.3  UniProt資料庫
  2.4  蛋白質結構資料庫
    2.4.1  蛋白質結構資料庫PDB
    2.4.2  蛋白質結構分類資料庫SCOP
    2.4.3  蛋白質二級結構資料庫DSSP
  2.5  其他分子生物學資料庫
第3章  序列比對
  3.1  序列比對基礎
    3.1.1  序列比對的分類
    3.1.2  序列的相似性
    3.1.3  序列比對的打分矩陣
    3.1.4  序列比對的空位罰分
  3.2  雙序列比對
    3.2.1  概述
    3.2.2  點陣法
    3.2.3  動態規劃法
    3.2.4  BLAST演算法
  3.3  多序列比對
    3.3.1  概述
    3.3.2  SP模型
    3.3.3  動態規劃法
    3.3.4  星形比對演算法
    3.3.5  CLUSTAL w演算法
第4章  核酸序列分析
  4.1  DNA序列信息分析
    4.1.1  DNA序列的基本信息
    4.1.2  DNA序列的特徵信息
  4.2  基因組結構註釋分析
    4.2.1  重複序列分析
    4.2.2  基因識別
  4.3  RNA序列分析
    4.3.1  mRNA可變剪接分析
    4.3.2  miRNA與靶基因預測分析
第5章  基因組功能註釋分析

  5.1  基因組註釋的基礎知識
    5.1.1  基因組的組裝版本
    5.1.2  基因組的坐標系統
    5.1.3  基因組註釋常用格式
    5.1.4  基因組坐標的邏輯運算模式
  5.2  基因組功能註釋的準備工作
    5.2.1  基因組組裝版本間的坐標轉換
    5.2.2  常用格式間的轉換
    5.2.3  基因組坐標的邏輯運算
  5.3  基因組功能的高級註釋
    5.3.1  基因組變異位點的註釋
    5.3.2  基因集富集分析
    5.3.3  製作序列標識
    5.3.4  基因組功能註釋分析平台
第6章  蛋白質序列信息分析
  6.1  蛋白質序列的基本信息分析
    6.1.1  蛋白質的氨基酸組成分析
    6.1.2  蛋白質的理化性質分析
    6.1.3  蛋白質的親疏水性分析
  6.2  蛋白質序列的特徵信息分析
    6.2.1  蛋白質的跨膜區分析
    6.2.2  蛋白質的信號?分析
    6.2.3  蛋白質的捲曲螺旋分析
  6.3  蛋白質序列的功能信息分析
    6.3.1  基於蛋白質基序的功能分析
    6.3.2  蛋白質的結構域和功能位點分析
    6.3.3  基於蛋白質同源性的功能分析
第7章  蛋白質結構分析
  7.1  蛋白質二級結構預測
    7.1.1  Chou-Fasman方法
    7.1.2  GOR(Garnier-Osguthorpe-Robson)方法
    7.1.3  PHD預測方法
    7.1.4  NNSSP預測方法
    7.1.5  多元預測方法
  7.2  蛋白質空間結構預測
    7.2.1  同源建模方法(homology modeling)
    7.2.2  串線法(threading)
    7.2.3  從頭預測(ab initio)方法
第8章  生物信息學與人類複雜疾病
  8.1  人類複雜疾病及其分子機理
    8.1.1  人類疾病及複雜疾病
    8.1.2  複雜疾病發生的分子機理
  8.2  複雜疾病的分子機理分析
    8.2.1  基因晶元技術及數據分析
    8.2.2  蛋白質組學和蛋白質表達分析
    8.2.3  轉錄調控的高通量分析
    8.2.4  高通量基因分型分析
  8.3  複雜疾病與生物分子網路
    8.3.1  典型的生物分子網路簡介
    8.3.2  複雜生物分子網路的分析與構建

參考文獻

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