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高通量測序技術在選擇性剪接研究中的應用

作者：孫曉勇
出版社：中國農業
ISBN：9787109235182

出版日期：2018/01/01
裝幀：平裝
頁數：159

人民幣：RMB 45 元售價：元

內容大鋼

孫曉勇著的《高通量測序技術在選擇性剪接研究中的應用》結合生物信息學課題組多年從事選擇性剪接的研究成果，系統闡述了高通量技術在選擇性剪接領域的應用與最新進展，重點講述了分析高通量數據的軟體，包括通用軟體BioIDMapper、選擇性剪接分析識別軟體SplicingTypesAnno和nagnag、可視化軟體prettycloud和pairheatmap。在此基礎上，進一步探討了通過基因晶元和高通量測序分析挖掘選擇性剪接的方法和流程，探索性地研究了與編碼區相關的NAGNAG選擇性剪接、非編碼區相關的未知轉錄本和長鏈非編碼RNA及相關的調控網路。最後介紹了反向剪接產生環形RNA的最新研究成果。
本書以R語言作為主要分析工具，內容新穎，敘述深入淺出，適用於生物學和生物信息學及其相關專業的研究者閱讀參考。

作者介紹

孫曉勇

前言
第1章  BioIDMapper：生物大分子編碼轉換系統
  1.1 生物大分子編碼轉換
  1.2 BioIDMapper下載資源
  1.3 系統要求
  1.4 軟體構架
  1.5 功能簡介
  1.6 圖形用戶界面
  1.7 實例
  1.8 項目分析
  1.9 用戶使用統計
  1.10 結論
第2章  SplicingTypesAnno：選擇性剪接識別軟體
  2.1 選擇性剪接軟體
  2.2 SplicingTypesAnno下載資源
  2.3 系統安裝
  2.4 主要剪接類型
  2.5 單個基因分析和全轉錄組分析
  2.6 輸入輸出格式
  2.7 功能描述
  2.8 項目分析
  2.9 總結報告
  2.10 用戶使用統計
  2.11 結論
第3章  nagnag：NAGNAG選擇性剪接識別及定量軟體
  3.1 NAGNAG選擇性剪接進展
  3.2 nagnag下載資源
  3.3 輸入輸出格式
  3.4 功能描述
  3.5 項目分析
  3.6 用戶使用統計
  3.7 結論
第4章  prettycloud：文本數據的可視化工具
  4.1 文本數據的可視化
  4.2 prettycloud下載資源
  4.3 安裝
  4.4 prettycloud演算法
  4.5 相關參數
  4.6 實例
  4.7 用戶使用統計
  4.8 結論
第5章  pairheatmap：高通量數據可視化工具
  5.1 熱圖
  5.2 pairheatmap下載資源
  5.3 相關參數
  5.4 高通量測序數據分析
  5.5 用戶使用統計
  5.6 結論
第6章  基因晶元分析挖掘表達差異基因
  6.1 基因晶元技術

  6.2 數據分析流程
  6.3 項目分析
  6.4 結論
第7章  高通量測序RNA-seq數據分析挖掘
  7.1 高通量測序
  7.2 高通量測序分析流程
  7.3 高通量轉錄組測序研究領域
第8章  NAGNAG選擇性剪接研究
  8.1 NAGNAG選擇性剪接
  8.2 研究方法
  8.3 結果分析
  8.4 結論
第9章  轉錄非編碼區的識別和分析挖掘
  9.1 轉錄非編碼區研究進展
  9.2 材料與方法
  9.3 結果與分析
  9.4 結論
第10章  長鏈非編碼RNA的識別和定量
  10.1 長鏈非編碼RNA
  10.2 研究方法
  10.3 項目分析
  10.4 結論
第11章  基因調控網路構建及分析
  11.1 基因調控網路
  11.2 材料與方法
  11.3 結果
  11.4 基因調控網路可視化
  11.5 結論
第12章  環形RNA的識別和定量
  12.1 國內外研究現狀及分析
  12.2 研究方法
  12.3 分析流程
  12.4 項目分析
  12.5 結論
主要參考文獻

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