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生物信息學實踐

  • 作者:彭仁海//劉震//劉玉玲
  • 出版社:中國農業科學技術
  • ISBN:9787511630162
  • 出版日期:2017/04/01
  • 裝幀:平裝
  • 頁數:171
人民幣:RMB 30 元      售價:
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內容大鋼
    彭仁海、劉震、劉玉玲著的《生物信息學實踐》介紹生物信息學平台搭建和常用基礎軟體的安裝與運行,使讀者能夠配置自己的生物信息學分析環境;通過介紹電腦輔助藥物設計和基因組重複序列分析等內容使讀者熟悉生物信息學分析的一般策略。著重講解生物信息學分析過程中常見問題的解決方法,在確保操作步驟完整的基礎上盡量精簡,力求幫助使讀者在*短的時間內掌握知識和能勝任該方面工作。

作者介紹
彭仁海//劉震//劉玉玲

目錄
第一章  生物信息學分析基礎工具與平台配置
  第一節  文本編輯器
    一、常用的文本編輯器
    二、UltraEdit
    三、Vi編輯器
  第二節  Linux系統基礎
    一、軟體安裝
    二、PATH路徑設置
    三、必備Linux命令
    四、Linux系統的輸出重定向與管道
    五、中文版Linux改為英文版
    六、開啟FTP服務
  第三節  生物信息學實驗室區域網
    一、生物信息學區域網實例
    二、遠程登錄
  第四節  Windows系統下構建本地BLAST
    一、BLAST的下載安裝
    二、Blast的使用
    三、實例講解
  參考文獻
第二章  生物信息資料庫的使用與構建
  第一節  NCBI資料庫資源
    NCBI資料庫檢索
  第二節  數據存儲格式
    一、FASTA格式
    二、FASTQ格式
    三、Genebank格式
    四、EMBL格式
    五、採用XML實現生物資料庫的整合
  第三節  的生物信息學資料庫
  第四節  生物信息學資料庫的構建方法
    一、Apache的安裝與啟動
    二、MySQL的安裝與配置
    三、PHP的安裝與配置
    四、不能安裝的情況
    五、利用Windows Server搭建資料庫伺服器
  參考文獻
第三章  基於蛋白質結構的電腦輔助藥物設計
  第一節  蛋白質二級結構
    一、α螺旋
    二、β片層
    三、β轉角
    四、蛋白質二級結構預測
  第二節  蛋白質結構資料庫及其檢索
    一、PDB資料庫檢索
    二、蛋白質結構數據的存儲格式
    三、蛋白質結構可視化
  第三節  蛋白質結構的預測
    一、國際蛋白質結構預測技術評估大賽(CASP)
    二、利用SWISS?MODEL預測蛋白質的三級結構

  第四節  分子對接工具Autodock
    一、Autodock程序的安裝
    二、小分子的來源和處理
    三、大分子的處理
    四、兩個參數文件(gpf和dpf)的設置
    五、結果的處理
  第五節  分子模擬原理與工具
    一、分子模擬的主要方法
    二、分子模擬常見工具
  第六節  分子動力學模擬工具Amber
    一、生成小分子模板
    二、處理蛋白質文件
    三、生成拓撲文件和坐標文件
    四、能量優化
    五、LEAP使用
    六、MD過程
    七、VMD的使用
    八、觀看並保存圖像的步驟
    九、RMS計算
    十、結果數據處理
  參考文獻
第四章  轉座子的生物信息學分析
  第一節  轉座子的分類
    一、分類級別
    二、自主與非自主轉座子
    三、轉座子的命名
    四、轉座子的生物信息學分析
    五、重複序列挖掘工具
  第二節  RepeatMasker和RepeatModeler
    一、RepeatMasker的安裝
    二、RepeatModeler的安裝
    三、RepeatMasker的操作
    四、RepeatMasker搜索的過程
    五、兩個Perl程序
    六、聯合多個重複序列資料庫
    七、RepeatMasker的其他參數
    八、Out結果文件
    九、RepeatModeler的使用
  第三節  LTRharvest
  第四節  序列去冗余
  第五節  Circos繪圖
    一、Circos的安裝
    二、Circos的顏色
    三、圖像分析
    四、核型文件
    五、ideogram標籤
    六、連接
    七、圖像輸出
    八、直方圖
    九、Highlights圖

    十、容易出現的問題
  參考文獻
第五章  生物信息學資源
  第一節  網路資源
    一、在線工具鏈接Expasy
    二、常用生物軟體分類與下載
    三、生物信息學中文論壇
  第二節  期刊與機構
    一、生物信息學期刊
    二、生物信息學機構
  第三節  在線小工具
    一、開放閱讀框查找工具ORF Finder
    二、繪製GO註釋結果
    三、蛋白質組成和穩定性分析ProtParam
    四、啟動子區預測工具Promoter
    五、序列logo
    六、蛋白質序列綜合分析工具PredictProte
    七、信號?
    八、比較分析圖繪製工具VENNY
  第四節  生物信息學分析軟體
    一、EMBOSS
    二、EMBOSS運行示例
    三、綜合序列分析軟體DNAstar
    四、分子生物學常用工具簡介
  參考文獻
第六章  分子進化
  第一節  分子進化基礎
    一、構建進化樹的演算法
    二、進化樹格式
    三、進化樹的圖形顯示
    四、進化軟體
  第二節  通過phylip構建進化樹
    一、準備
    二、通過Clustal將Fasta格式的序列進行比對並保存為phy格式
    三、使用seqboot設置重複數量
    四、通過似然法計算進化樹
    五、構建一致樹
    六、圖片製作
  參考文獻
第七章  生物信息學編程基礎
  第一節  Perl語言
    一、CPAN
    二、正則表達式
    三、Bioperl的安裝
  第二節  統計語言
    一、R語言
    二、其他統計分析工具
  參考文獻
附錄一  生物信息學常用辭彙表一
附錄二  生物信息學常用辭彙表二

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